Все свои усилия новый патриарх направил на воцерковление всех сторон жизни народа, упорядоточение богослужений, повышение авторитета главы церкви, украшение храмов, укрепление материальной базы церкви, исправление богослужебных книг. Он создавал училища с преподаванием древних языков, заводил типографии, собирал библиотеки, пытаясь сделать Москву подлинным центром мирового православия. Желая сохранить симфонию светской и духовной власти, он во многом посягал на сложившийся приоритет царской власти, что скоро привело к конфликту с государем. В 1658 г. Никон демонстративно удаляется из Москвы и поселяется в строящемся Воскресенском монастыре, именуемом Новым Иерусалимом.
Воскресенский Новоиерусалимский монастырь
Строительство монастыря началось в 1656 г., еще во времена его дружбы с царем, когда была заложена малая деревянная церковь во имя Воскресения Христова. На освящение церкви был приглашен государь, которому так полюбилась местность, что он написал патриарху: «Господь Бог издревле предуготовал место сие на создание монастыря, ибо оно понеже прекрасно подобно Иерусалиму». Прочитав послание, Никон повелел положить его под святым престолом, а Воскресенский монастырь впредь именовать Новым Иерусалимом.
В обителе задумывалось повторение монументального храма Воскресения Господня в Иерусалиме, а в ее окрестностях — воплощение особо почитаемых евангельских святынь. Посланный в Палестину старец Троице-Сергиевой лавры Арсений Суханов скоро привозит чертежи и планы святого храма, и тогда приступают к возведению каменного строения. Личная политическая катастрофа Никона замедлила грандиозное строительство, но не изменила идей, вложенных им в свою подмосковную резиденцию. При его добровольном восьмилетием заключении в сей обители грандиозное сооружение было возведено почти под самые своды. Строилось оно под руководством каменных дел подмастерьем Аверкием Мокеевым. Но когда по решению Собора в 1666 г. Никон был лишен патриаршего сана и отправлен в ссылку, сначала в Ферапонтов, а затем в Кирилло-Белозерский монастырь, строительство приостановилось почти на 14 лет. Лишь усердием царя Федора Алексеевича и стараниям его тетки царевны Татьяны Михайловны оно возобновилось в 1679 г. А через два года Никону позволяют вернуться в Новый Иерусалим, но в пути последовала его блаженная кончина. Погребение опального патриарха состоялось в Ново-Иерусалимском монастыре при участии государя, в приделе Усекновения главы Иоанна Предтечи. Его белокаменное надгробие со стихотворной эпитафией сохранилось, но мощи были изъяты большевиками и бесследно исчезли.