В дальнейшем этот храм неоднократно перестраивался. Уже через сто лет, при Юстиниане Великом, здесь был воздвигнут новый роскошный храм, благоукрашенный великолепной мозаикой. Тогда же здесь была основана мужская обитель, получившая такое же название. Ежегодно в Светлую пятницу к храму Живоносного Источника жителями византийской столицы стал совершаться торжественный крестный ход.
С Живоносным Источником связана и соответствующая иконография, восходящая к одному из первоначальных Богородичных изображений — «Знамению». Впервые образ появился во времена Льва Маркелла, со временем меняясь в композиции. Первоначально он представал без изображения источника, и лишь затем на иконах стала изображаться чаша, а позднее также водоем и фонтан.
Престол над купелью Живоносного источника
Описание образа Богоматери «Живоносный Источник» середины XIV в. дает церковный историк Никифор Каллист, являвшийся и составителем службы этой иконе и синаксаря. Он ясно повествует, что в середине чаши, похожей на крещенскую купель, установленную над источником, изображена Богоматерь с Младенцем Христом на лоне. Иногда икону называют «Живоносная Источница», иногда — «Живоприемный Источник», или просто «Источная», имея в виду тот факт, что Богоматерь есть Источник жизни, от которой произошел Христос и вся жизнь.
После турецкого завоевания монастырь был разорен и разрушен, придя в печальное запустение. Многие последующие века православные мечтали о возрождении монашеской обители у святого места. И только в 1834–1835 гг. удалось воздвигнуть над Живоносным Источником православный храм, действующий до настоящего времени. Теперь здесь греческий женский монастырь с весьма неприметным видом. Здание, покрытое красной черепицей, с едва различимым крестом, глухие металлические ворота. И лишь только в храме окружает привычный православный интерьер. К источнику необходимо спуститься по мраморной лестнице вниз, в отдельное помещение, где он предстает в скромном великолепии. Мраморная отделка купели с целительной водой, где по-прежнему плавают красные рыбки, над которыми возвышается небольшой алтарь. Для паломников выставляются рядом уже наполненные водой пластмассовые бутылочки, украшенные драгоценным образом иконы «Живоносный Источник». Монастырь является действующим и в него пускают лишь на Светлую седмицу и в другие великие праздники. Поэтому к самому источнику паломники не всегда могут попасть. Но пузырьки с целительной водой всегда стоят в притворе храма, которые может взять любой желающий. Отсюда же можно пройти в небольшой внутренний дворик монастыря, где можно поклониться упокоившимся здесь за последние два века всем константинопольским патриархам.