Владения монастыря были огромны, простираясь на многие десятки гектаров земли. Имелись обширные виноградники и сады, лежащие вдоль главной улицы от Золотых Ворот и морскими стенами города.
Латинская оккупация нанесла непоправимый вред монастырю, лишив его многих святынь. Пропала часть главы Иоанна Предтечи, возможно, вывезенная во французский Амьен. Монашеская братия надолго покидает обитель, не захотев служить по новым латинским правилам. Лишь только после восстановления Византийской империи Константин Палеолог, брат базилевса Андроника II, восстанавливает монастырь в 1293 г. в прежнем виде, окружая его мощными крепостными стенами.
Его главный храм во имя Иоанна Крестителя вновь заблистает былым благолепием. Посетивший Константинополь в 1350 г. Стефан Новгородский говорит о нем: «Церковь эта велика очень и высока, с коробовым сводом, иконы в ней, как солнце, сияют, сплошь украшены золотом, а пол церковный великого удивления достоин: будто жемчугом усыпан, и изограф так не сможет изобразить. Так же и трапеза, где братия ест. Очень красив он, прекраснее других монастырей, стоит на окраине города, близ Золотых ворот». Церковь была воздвигнута в виде трехнефной базилики с окружающими галереями. Перед храмом располагался просторный внутренний двор атриум. Центральный неф храма был отделен от боковых двумя рядами колонн зеленого мрамора. Над боковыми нефами располагались галереи, предназначавшиеся для мирян, в то время как монахи молились на основном пространстве. В храме было семь алтарей и часовня Пресвятой Богородицы, украшенная роскошными мозаиками. Великолепными мозаиками блистал весь храм, а величественные изображения Христа и Богоматери, в окружении херувимов и серафимов, на золотом фоне взирали с апсиды. В литературе упоминается и огромное панно Тайной Вечери в монастырской трапезной, где был установлен большой мраморный стол.
На юге от церкви располагалась цистерна, обеспечивавшая насельников запасами воды.
Монастырь подвергся жестокому разрушению при взятии Константинополя турками. Братия рассеялась, а монастырь стал собственностью конюшего султана, который превратил главную церковь в мечеть. Отсюда ее турецкое название Имрахор — «мечеть конюшего», которая она носит до настоящего времени.
Жестокий пожар 1782 г., уничтоживший жилой квартал, а также землетрясение 1894 г. окончательно довершили разрушение великого византийского монастыря. Но в 1907 г. его изучение начал Русский археологический институт под руководством профессора Фёдора Успенского. Первая мировая война, а затем русская революция прервали научные исследования. А случившийся пожар 1920 г. довершил губительное разрушение святой обители. Остались стоять лишь четыре стены и несколько коринфских колонн. Сегодня от былого великолепия монастырского комплекса сохранились лишь печальные руины стен, скупые следы напольных орнаментов, да отдельные резные каменные украшения храма. Множество обломков капителей, скульптур и колонн теперь бессистемно располагаются вдоль стен или бесхозно валяются повсюду на земле. Но былая его слава и величие не умерли, а продолжают жить в благодарной памяти потомков о великих монашеских подвигах его братии. Здесь не осталось святых реликвий, но каждый камень напоминает нам о славных страницах византийского православия и о былом светоче византийского монашества. И найти монастырь в бесконечном хаосе мусульманских улочек и строений и благодарно поклониться его святой памяти этого стоит.