Однажды, когда император Максим был в Александрии и молился в языческом храме, к нему подошла Екатерина, дабы убедить отречься от идолов. Желая сам переубедить упорную девушку, император пригласил на дискуссию 50 ученых мужей. Екатерина смело вступила в полемику с языческими мудрецами и посрамила их своими праведными речами. А многие из них обратились в христианство. Тогда в гневе император приказал казнить святую.
Теперь мощи великомученицы Екатерины (глава и десница) почивают в беломраморной раке в алтаре. Там же хранится и несколько серебряных ковчегов, присланных русскими царями и великими князьями для мощей мученицы. Один из них с дарственной надписью от «великих государей царей Иоанна и Петра Алексеевичей и царевны Софьи» был прислан в 1689 г. Много здесь и других драгоценных реликвий, подаренных монастырю российскими самодержцами.
Но главным символом монастыря по-прежнему является Неопалимая Купина — символ Пресвятой Богородицы и символ Церкви Христовой, горящей и несгорающей. Интересно, что терновый куст относится к одному из видов мимозы или акации, растущих в каменистой пустыне. В соборном храме имеется придел в честь Неопалимой Купины, а сам живоносный терновый куст находится на возвышении рядом с храмом. Во имя ее существует распространенный, особенно в России, православный иконописный сюжет — «Неопалимая Купина», имеющий толкование чистоты и непорочности Девы Марии. В народной традиции икона берегла дома от стихии пожара.
Монастырь Святой Екатерины стоит между двумя мощными горными хребтами, возвышаясь в долине подобно средневековой крепости. В плане он представляет собой почти квадрат (длина сторон от 75 до 88 м), с высотой стен — от восьми метров с южной и до двадцати пяти с северной стороны и толщиной, доходящей до трех метров. Несколько раз стены повреждались землетрясениями, но каждый раз восстанавливались. Центральные ворота в обитель в целях безопасности еще в ранние века были замурованы, и лишь в современной истории слева от них был сделан низкий проход, закрывающийся тяжелыми дверями. Но еще в XIX в., чтобы попасть в монастырь, паломников поднимали на стены на веревке. Так описывает свое посещение обители первый начальник Русской Духовной миссии на Святой Земле архимандрит Порфирий (Успенский), открывший миру богатейшее книжное собрание монастыря: «Мне со стены спустили толстую веревку с запетлеванным на ней поленом. Перекрестившись, я сел на него, и меня начали тихо поднимать. Возношусь, упираясь ногами в гранитную твердыню, и смотрю вверх». Подобные меры безопасности были настоятельно необходимы тут, т. к. монастыри Синая неоднократно подвергались набегам бедуинов и разбойников. Память об этих страшных событиях почитается в круге церковных праздников, когда 14 января все Поместные Православные Церкви вспоминают Первое избиение преподобных отцов Синая и Райфы в IV в. и Второе избиение преподобных отцов в Райфе