Интересен тот факт, что из нескольких сот святых, прославленных Церковью в чине преподобных, великими названы были только около 20 человек, причем живших в IV–VI в. в Египте, Палестине и на Синае. Устроенные ими монастыри стали для всего христианского мира тогда образцом, где достигалось духовное усовершенствование и откуда уже выходили опытные старцы.
Святой Антоний преставился в глубокой старости, в возрасте 105 лет. Погребали тело преподобного два его ученика, и, как указывал Афанасий Великий, «кроме их двоих никто не знает, где оно погребено». Согласно «Жития святых» Димитрия Ростовского, мощи святого Антония были перенесены в Александрию в 561 г., при императоре Юстиниане, а затем в 635 г. их отправили в Константинополь. В 980 г. они были перенесены в г. Арль в Галлии, в церковь Святого Иулиана. Но, по монастырскому преданию, мощи святого Антония остались в обители, и сейчас они находятся под ступенями южной части солеи храма его имени, который был возведен вскоре после кончины святого. Эта церковь является самым древним храмом в монастыре, но снаружи он нелепо обстроен другими, более поздними строениями, которые не позволяют представить в полной мере первоначальный вид здания. Венчают храм три конусообразных купола с крестами. Внутри храм расписан коптскими фресками, много веков скрывавшимися под копотью от свечей и нагара, но недавно отреставрированными специалистами Египетского совета по древностям. Наиболее древние росписи относятся к VII–VIII вв., а более поздние к XIII в. Уникальны изображения христианских воинов-мучеников первых веков, тонко прорисованных в светлых полутонах, а в более сдержанной палитре представлены строгие пустынники, отцы-основатели монастыря.
Еще одной из древних построек монастыря является высокая башня с частью стены, возведенных при византийском императоре Юстиниане I и предназначенных для длительной обороны. Мощное сооружение, высотой более Юм, куда вел подъемный мост, сооруженный на уровне 5 м от земли и соединяемый с другим строением, могло выдерживать длительную осаду. Здесь хранились необходимые монахам запасы воды и пропитание.
Монастырь не раз подвергался осадам и разрушениям. Известно, что в конце XI в. монастырь был разрушен турками и курдами, но через сто лет он же упоминается как восстановленный.
В Средневековье ухоженность монастыря удивляла многих путешественников. Вот как писал в XII в. армянский путешественник Абу-Салих о нем: «Этот монастырь владеет многими вкладами и землями в Египте. Он окружен высокой укрепленной стеной. В нем живет много монахов. Внутри его стен находится большой сад, в котором растут пальмы, яблоки, груши, гранаты и другие деревья, также выращиваются овощи. В монастыре есть три источника, вода из которых течет круглый год и служит для нужд монахов и орошения сада. Один феддан