Санскритская традиция возникла в первом веке до нашей эры и постепенно распространилась по всей Индии. Индийские философские системы — вайбхашика, саутрантика, йогачара (также известная как читтаматра или виджнянавада) и мадхьямака — развивались по мере того, как ученые формировали разные мнения по вопросам, не разъясненным четко в сутрах. Хотя многие положения в палийской традиции в той или иной мере согласуются с одной из четырех перечисленных выше философских школ, полностью отождествлять ее ни с одной из них нельзя.
Со временем появилось несколько монастырских университетов — Наланда, Одантапури и Викрамашила — где вместе учились и практиковали буддисты, придерживающиеся разных традиций и философских школ. В древней Индии был широко распространен обычай философских диспутов: проигравшие должны были перейти в школу победителей. Буддийские мудрецы разрабатывали логические доводы и логические цепочки, которые позволили бы доказать справедливость буддийской доктрины и отклонить философскую критику со стороны не-буддистов. Знаменитые участники диспутов также были великими практикующими. Безусловно, не все буддийские практикующие были заинтересованы в таком подходе; многие предпочитали изучать сутры или медитировать в отшельничестве.
В настоящее время существуют три канона: палийский, китайский и тибетский; санскритский канон в Индии составлен не был. Каждый из канонов делится на три «корзины» (питака), или категории учений, которые соотносятся с тремя высшими тренировками. Корзина винаи отвечает главным образом за свод монашеских правил поведения, корзина сутр придает особое значение медитативному сосредоточению, а корзина абхидхармы в основном посвящена мудрости.
Китайский канон был впервые опубликован в 983 году; позже было опубликовано несколько других вариантов. В настоящее время стандартным изданием считается «Тайсе синею дайдзоке», опубликованное в Токио в 1934 году. Оно состоит из четырех частей: (1) сутры, (2) виная, (3) шастры (трактаты) и (4) дополнительные тексты, исходно написанные на китайском языке. Китайский канон очень обширен; в нем много текстов, также входящих и в палийский, и в тибетский каноны. В частности, агамы в китайском каноне соответствуют первым четырем никаям из канона палийского.
Тибетский канон был отредактирован и систематизирован Будоном Ринпоче в XIV веке. Первая версия тибетского канона была опубликована в Пекине в 1411 году. Последующие издания были опубликованы в тибетском Нартанге (в 1731–1742 годах), а затем в Дерге и Чоне. Тибетский канон состоит из Кангьюра, собрания слов Будды в 108 томах, и Тенгьюра, великих индийских комментариев в 225 томах. Большинство из этих текстов были переведены на тибетский непосредственно с индийских языков (в основном с санскрита), но некоторые — с китайского и языков Центральной Азии.