Итак, задачи русской антарктической экспедиции были в основном установлены.
Вскоре выяснилось, что М. И. Ратманов по болезни участвовать в плавании не может и вместо него начальником экспедиции и командиром шлюпа «Восток» будет капитан второго ранга Ф.Ф. Беллинсгаузен. Назначение нового командира «Востока» состоялось лишь за два месяца до ухода кораблей в плавание, а потому во время его отсутствия вся тяжесть подготовки легла на командира шлюпа «Мирный» - М. П.Лазарева.
Ф.Ф. Беллинсгаузен был опытным моряком. Он участвовал в первом русском кругосветном плавании под руководством И.Ф. Крузенштерна и, по его словам, имел «особенные свойства к начальнику над таковой экспедицией». Превосходный морской офицер, он обладал большими познаниями в астрономии, гидрографии и физике.
Родился Беллинсгаузен на острове Эзель (ныне Саарёма, в Эстонии). Ко времени назначения ему было сорок лет, и он находился в полном расцвете своих сил и способностей. До назначения начальником экспедиции он в течение десяти лет командовал различными фрегатами на Балтийском и Черном морях и показал себя смелым моряком и храбрым командиром во время боевых действий на этих морях. На Черном море, будучи командиром фрегата, он занимался гидрографией и картографией, исправлял и уточнял морские карты. Эта работа была поставлена ему в особую заслугу известным русским морским историком А. Н. Соколовым, весьма скромным на похвалы вообще, а в отношении офицеров с нерусскими фамилиями особенно.
После успешного похода в Антарктиду Ф. Ф. Беллинсгаузен проходил службу на Балтийском и Черном морях, участвовал в качестве начальника отряда кораблей в русско-турецкой войне 1828 - 1829 годов, а в конце своей жизни был главным командиром Кронштадтского военного порта и военным губернатором города Кронштадта. Одновременно он командовал Балтийским флотом и до конца своих дней (1852 г.) ежегодно отправлялся в плавание. Тем самым сбылась его детская мечта-«Я родился среди моря; как рыба не может жить без воды, так и я не могу жить без моря», - говорил Беллинсгаузен.
Беллинсгаузен уделял громадное внимание благоустройству города Кронштадта. По словам современников, он был «душой, участником и двигателем всех проводимых в Кронштадте предначертаний». Особенно он старался улучшить жизнь матросов. Свой опыт проведения крупной научной экспедиции Беллинсгаузен использовал при подготовке всех последующих русских кругосветных экспедиций, которые, все без исключения, готовились им в Кронштадте.
Беллинсгаузен отличался наблюдательностью, остротой ума и склонностью к индуктивным умозаключениям. Не будучи профессиональным ученым-естественником, он высказал много истин, предваривших выводы специалистов. Его теория образования коралловых островов была опубликована за 11 лет до исследования на эту же тему Чарлза Дарвина. Беллинсгаузен первым разъяснил происхождение водорослей Саргассова моря, а равно отметил и другие особенности Антарктики.