Администрация коренных народов практически без исключения функционировала только на низшем уровне, на котором не было создано ни одной немецкой организации, хотя даже здесь немцы оставляли за собой привилегию «найма и увольнения». Хотя на практике общая модель варьировалась от района к району, в целом она ограничивала «местное самоуправление» объединением деревень или групп деревень в одну волость (что в целом соответствовало советскому сельсовету); в большинстве городов администрация коренных народов функционировала под контролем немецкого коменданта. Высшим должностным лицом из числа коренных жителей – в районе или в городе – был мэр или бюргермейстер (бургомистр).
Административная структура не проявляла особой гибкости. Она представляла собой попытку использовать советские административные единицы, внося изменения с поправкой на цели Германии. Она была спроектирована и создана до того, как можно было объективно оценить ситуацию и нужды населения на оккупированных территориях. Система гражданского правительства практически не менялась с момента создания и до самого конца.
Первоначально весь оккупированный Восток находился под управлением командования армии. Даже после создания гражданской администрации некоторые части Белоруссии и Украины, а также все оккупированные регионы РСФСР, включая Крым и Северный Кавказ, находились под юрисдикцией армии на протяжении всей войны, отчасти из-за смещения линии фронта, отчасти из-за продолжавшихся беспорядков в этих регионах и отчасти из-за нараставшего конфликта между армией и министерством Розенберга, в котором военные сопротивлялись всем усилиям по передаче дополнительных территорий гражданской администрации. Развернутая армией административная структура значительно отличалась от административной структуры в рейхскомиссариатах.
Территория, находившаяся под военным контролем, была разделена на несколько отдельных областей. Каждая из трех групп армий (Heeresgruppe) на Восточном фронте контролировала значительную территорию – нововведение в немецкой военной администрации, спровоцированное прежде всего обширностью занимаемого пространства и вытекавшими из этого проблемами логистики. Географически самые западные сегменты, тылы групп армий (Rückwärtige Heeresgebiete), oxватывали большую часть территории, контролируемой военными. На востоке к ним примыкали тыловые районы каждой армии – традиционные единицы немецкого военного правительства на оккупированной земле – под началом командиров тыловых районов (Rückwärtiges Armeegebiet, широко известных как Korück). Наконец, к востоку от армейских районов была зона боевых действий, поделенная на корпусные районы.