Более важным элементом конфликта с гражданскими властями были ведомства Гиммлера. Сначала СС и полиция в несколько неоднозначном состоянии постоянно расширяли свои функции, особенно после передачи под их юрисдикцию контроля над военными операциями за линией фронта. Под началом каждого рейхскомиссара был высший начальник СС и полиции (Höherer SS- und Polizeiführer), и к каждому рейхскомиссариату были прикреплены нижестоящие чиновники СС. Кроме того, люди Гиммлера контролировали местную полицию и специальные отряды СД (известные в областях под управлением гражданской администрации как зондеркоманды). Поскольку органы СС получали приказы непосредственно от своих контрольных органов в Берлине, неизбежно возникали конфликты между ними и органами гражданской администрации, которые тщетно требовали права контроля над ведомствами СС. Заместителю министра Мейеру было удобно упразднить этот конфликт, объявив о том, что OMi оставалось «единоличным законодателем» всей области. На деле зачастую разногласия в зоне боевых действий разрешались резче, чем в министерской духоте Берлина.
Ситуация была еще больше усложнена благодаря участию множества других ведомств, описывать конкретные полномочия которых здесь нет необходимости. Прежде всего среди них были экономические представители и различные монопольные компании, созданные для оккупированных районов. С 1942 г. программа найма рабочей силы действовала без учета директив гражданской администрации. Несмотря на то что большинство заинтересованных ведомств входили в Центральный штаб планирования OMi, само присутствие этих многочисленных подразделений вносило неразбериху и разнородность в и без того запутанный административный и политический лабиринт.
Некоторые из возникавших трудностей могли быть связаны со спонтанными решениями, вызванными неблагоприятным для Германии поворотом в ходе войны. Многие из них были связаны с внутренней борьбой за власть в рейхе. Однако некоторые возникали из-за отсутствия видения, гибкости и планирования. У немецких политиков было три основных альтернативы, когда они ввязались в авантюру по управлению европейской Россией – обширным пространством с более чем сотней миллионов жителей, насквозь пронизанным советскими и коммунистическими ведомствами, в котором практически каждая отрасль общественной жизни и экономики находилась в руках государства и для работы которого требовалась нескончаемая бюрократия. Этими альтернативами были: самоуправление под общим контролем Германии, участие каждого заинтересованного немецкого ведомства под руководством небольшого координирующего и политикообразующего штата или создание территориального министерства, стремящегося управлять всеми уровнями деятельности на оккупированной территории.