Внутри университета как общей ассоциации не замедлили образоваться ассоциации второстепенные. Люди одной страны или одной провинции, живущие в большом чужом городе, естественно стремятся к объединению; с другой стороны, понятно, что те, которые занимаются одной и той же наукой, отделяются и образуют братство. Таково происхождение наций и факультетов. Разделение студентов и профессоров на четыре факультета (богословие, медицина, юриспруденция и словесность) — очень древнего происхождения; оно было окончательно утверждено Григорием IV в 1231 г. Один университетский акт 1254 г. сравнивает четыре факультета с «четырьмя райскими реками». Что касается четырех наций, или землячеств (англичане, французы, нормандцы и пикардийцы), то они разделились, по-видимому, лишь после переселения словесников на левый берег Сены. Между 1215 и 1222 гг. словесный факультет разделился на четыре нации, каждая имела свою особую печать; «прокуроры» этой четырехглавой федерации избирали общего начальника всех словесников, который назывался ректором, тогда как титул декана принадлежал главному магистрату трех других факультетов. То обстоятельство, что ректор четырех наций словесников, благодаря постепенным захватам, сделался в конце XIII в. главным начальником всего университета, rector Universitatis magistrorum et scolarium Parisiensium, лучше всего свидетельствует о преобладающей роли словесного факультета в Парижском университете. Словесники («артисты») были самыми многочисленными, самыми молодыми и самыми деятельными в составе университета.
Управление возникшего таким образом университета было крайне несовершенно. Во-первых, общая ассоциация, то есть собственно университет, существовала лишь номинально; она не имела ни определенного местопребывания, ни капеллы, ни aula, где могли бы собираться ее члены. Изредка собиравшиеся общие «конгрегации» заседали в монастыре матюринов. Университет не имел ни должностных лиц, ни регулярных доходов и расходов. «Когда ему приходилось вести процесс или посылать посольство, то для покрытия издержек устраивалась экстраординарная складчина, в которой должны были участвовать все лица, пользовавшиеся университетской привилегией… Излишек сборов делился между учителями и педелями и пропивался в кабачке. Сбережений не существовало». Вся федеративная жизнь сосредоточивалась в факультетах и нациях. Собрания этих ассоциаций вырабатывали уставы и назначали своих должностных лиц. Но и они были бедны. Как и университет, факультеты не имели своей aula: нации словесников собирались обычно в церкви Сен-Жюльен-ле-Повр, факультет богословия — у матюринов, медики — в доме своего декана. Правда, словесный факультет владел обширным лугом, Лугом писцов, который тянулся вдоль Сены от нынешней улицы Сен-Перес до эспланады Инвалидов; но он не имел даже достаточного количества построек (scolae) для помещения всех своих начальников; он нанимал им квартиры у частных лиц. Кроме того, факультеты не имели никаких постоянных доходов, исключая платы, которую они взимали с кандидатов на ученые степени. Следует прибавить, что различные общества не всегда жили в согласии друг с другом и что часто в них господствовали внутренние раздоры. На словесном факультете нации ненавидели друг друга, и иногда даже в среде самих наций господствовала ожесточенная вражда между провинциями. Богословский факультет был волнуем в XIII в. распрями между белыми и черными; Гильом де Сент-Амур, вождь светских клириков, тщетно пытался приобрести поддержку папы против членов нищенствующих орденов. Наконец, присутствие в этой избирательной, федеративной и анархической республике многочисленной толпы молодых людей, огражденной корпоративными привилегиями против строгостей общего суда, было причиной нескончаемых скандалов.