Не помогли и личные, не самые враждебные отношения между сторонами. Накануне официального указа о роспуске Думы на дачу Столыпина, где проходило заседание Совета министров, прибыла внушительная делегация, в которую вошел в том числе Милюков. Разговор, по свидетельствам участников, проходил вовсе не на повышенных тонах, но это не помогло: Столыпин дал понять, что по аграрному вопросу они компромисса не найдут, а значит, суть остается неизменной: Думе не жить. Утром 3 июня 1907 года она была распущена.
В. Д. Набоков, как мы помним, был среди тех, кто избираться права не имел, поэтому по решению ЦК кадетов с февраля 1907 года работал над подготовкой законопроектов, которые должны были вноситься на обсуждение и рассмотрение в Думе. Набоков занимался преимущественно вопросом отмены смертной казни. В марте Набокова вновь избрали товарищем председателя ЦК по Санкт-Петербургу. Параллельно с этим кадеты подготовили трехтомник статей «Первая Государственная дума». Набоков вместе с коллегой Алексеем Мухановым (скончавшимся несколькими месяцами спустя от тяжелой болезни) были соредакторами и обеспечили финансирование сборника, а ВДН еще и написал две статьи: «Ответный адрес Государственной думы» и «Законопроект об отмене смертной казни». После роспуска Думы Набоков продолжил работу в кадетской партии, осенью присутствовал на очередном съезде в Финляндии, где был избран в ЦК, получив 124 голосов из 127 возможных (перед этим побывал на выставке собак в Дрездене и приобрел там таксу, которую остроумно назвал Трэйни (от английского train – поезд; такса была длинной и коричневой, как спальный вагон). Далее последовал уже упомянутый судебный процесс над самим Набоковым и другими инициаторами-подписантами Выборгского воззвания и отбытие наказания в «Крестах»…
К тому времени, с ноября 1907 года, уже давно работала Дума третьего созыва, в которой большинство было у проправительственных сил. Кадеты в ней находились в оппозиции, вели себя гораздо спокойнее, чем в Думе первого и второго созывов, но Милюков считал, что работать надо и в таком парламенте, так как верил в идею народного представительства. Кадеты старались следить, чтобы их парламентские завоевания не игнорировались, но при возможности вмешивались и в сам политический процесс. К примеру, именно при поддержке кадетов удалось дополнительно увеличивать суммы, выделяемые на народное просвещение, процесс, который так пугал царское правительство, что оно бы предпочло вести образование по старинке, через церковь. Но здесь удержать прежние позиции кабинету министров не удалось.