Он стал заместителем Арафата в палестинском студенческом союзе. В августе 1956 года они поехали в Прагу на конгресс Международного союза студентов. В столице Чехословакии Арафат впервые — и к удивлению товарищей — надел куфию. С тех пор он всегда появлялся в таком головном уборе. Это стало его визитной карточкой.
В октябре 1956 года на Ближнем Востоке вспыхнула новая война. Египет национализировал компанию Суэцкого канала, и Англия хотела сохранить свои позиции. Франция присоединилась к Англии, потому что Насер поддерживал алжирских повстанцев, восставших против Парижа. Англичане и французы попросили о помоши Израиль. Он воспользовался этой ситуацией и нанес превентивный удар по Египту, который с помощью Советского Союза быстро вооружался. Израильские руководители подозревали, что Египет готовится к войне против Израиля, и по-суворовски считали, что лучшая оборона — это нападение.
Во время короткой синайской войны Арафат был призван в армию, но участия в боевых действиях не принимал.
Египетского вождя Гамаля Абд аль-Насера увлекала идея объединения арабского мира под собственным руководством. Палестинский вопрос сам по себе его не интересовал. Он поддерживал только тех палестинцев, кто демонстрировал ему преданность и выступал за присоединение Палестины к будущему единому арабскому государству.
Поэтому помощь от Египта получил Жорж Хабаш, палестинец, придерживавшийся марксистских взглядов. Он создаст собственную боевую организацию и будет оспаривать лидерство Арафата. В 1951 году Жорж Хабаш окончил медицинский факультет Американского университета в Бейруте и нашел работу в Аммане. Как и Арафат, он тоже заинтересовался политикой.
На Хабаша оказал влияние баасизм, идея единого арабского социалистического государства. У него нашлись единомышленники. Среди них был еще один врач — Вади Хаддад, который станет одним из самых знаменитых террористов.
Хабаш и Хаддад решили создать Арабское национальное движение. Участники движения поклялись посвятить жизнь уничтожению еврейского государства в Палестине.
Арафат, сторонник независимости Палестины, почувствовал, что ему следует покинуть Египет. С Насером ему было не по пути еще и потому, что Насер боялся и ненавидел «братьев-мусульман».
26 октября 1954 года Насер выступал на главной площади в Александрии. Послушать его собралась огромная толпа. В него стреляли, но промахнулись — пули прошли рядом с его головой. После синайской войны Насер приказал сокрушить «братьев-мусульман». Под наблюдение попали активисты и симпатизирующая им молодежь. В полицейские досье внесли и Арафата, хотя он быстро расстался с «братьями».