В Литве немцам оказалось труднее быстро подобрать абсолютно лояльную «новой власти» местную администрацию. Группа литовских буржуазных политиков, бежавших в Германию после присоединения Литвы к СССР, готовила в Литовской ССР при поддержке гестапо и германского генштаба антисоветское восстание. После начала войны националисты выдвинули идею создания на оккупированной немцами территории Литвы «национального» литовского правительства. После занятии Каунаса немецкими войсками без согласования с ними было объявлено о создании такого правительства во главе с лидером литовской эмигрантской группировки полковником Шкирпом. Однако это не входило в планы немцев, и они не впустили Шкирпа в Литву. Остальные «самопровозглашенные министры» Литовского правительства были арестованы гестапо. Тем самым всем «националам» было ясно дано понять, что ни о какой самостоятельности от немецкой оккупационной администрации не может быть и речи.
«Независимость» в оккупированной Прибалтике была относительной. Германские комиссары не просто осуществляли надзор за деятельностью центральных органов «самоуправления», но и имели право непосредственно вмешиваться во все дела, а также проводить собственные мероприятия в интересах Германии, для чего не требовалось согласование с местным руководством. Например, в Риге вплоть до ноября 1941 г. работали отдельные департаменты латвийской администрации, действовавшие под наблюдением немецких комиссаров. Это, в частности, относилось к хозяйственным вопросам, при решении которых немцы – генеральные комиссары исходили не из интересов развития данного региона и местного населения, а из военно-экономических интересов Германии.
Назначение должностных лиц органов «самоуправления» тоже производилось германскими властями. Мелкие чиновники назначались местными органами, но обязательно с последующим утверждением германских властей. Официальные сношения между германскими учреждениями и органами «самоуправления» велись только на немецком языке.
Центральное административное управление в Белоруссии осуществлялось непосредственно германским генеральным комиссаром (гауляйтером). Немцами была создана организация «Белорусская самопомощь», используемая ими для борьбы с партизанами и для террора против мирного населения. Руководителями «Белорусской самопомощи» являлись Ермаченко, ксендз В. Годлевский, архиепископ Филофей, У. Сакович, В. Ивановский, У. Козловский, Ф. Акинчиц.
На Украине немцы также не сформировали национального марионеточного правительства или центрального органа «самоуправления». Когда в конце июля 1941 г. выпестованные фашистами вожаки ОУН заявили о претензиях на создание на оккупированной территории «украинского независимого правительства», немцы немедленно арестовали самозваного «премьера» Стецько и руководителя ОУН Бандеру