Флауэрс рекомендовал суду по делам о наследствах и опеке направить Миллигана не в Лиму, а в иное заведение, где он сможет получить лечение с учетом своей малоизученной и неоднозначной болезни. Ознакомившись с отчетами и доказательствами, судья по наследственным делам и опеке согласился с мнением коллеги, который вел дело, и направил Миллигана в Афинскую психиатрическую клинику (АПК), где его лечением занялся доктор Кол, специалист по диссоциативному расстройству идентичности.
Хотя первоначальный диагноз Хардинга выявил десять ясно различимых личностей, включая Билли (корневую личность), – полностью сформированных, разного возраста, пола и коэффициента умственного развития, – доктор Кол вскоре обнаружил еще четырнадцать альтер-эго.
Тринадцати из них, как выяснилось, запрещалось вставать на Пятно, и они были скрыты от мира, поскольку артур считал их «нежелательными». Используя опыт работы с другими «пациентами-множественниками», доктор Кол смог сплавить (объединить, или слить) двадцать три внутренних личности в одну, новую личность, которая не существовала ранее. Этот появившийся последним индивид помнил все, что думали, делали и говорили остальные с момента их появления. Они прозвали его Учителем.
Хотя Афинская психиатрическая клиника была заведением открытого типа, Миллиган не имел права покидать здание без разрешения доктора Кола. Поскольку одним из аспектов лечения считалось наращивание уверенности в себе, а также развитие доверия между пациентом и врачом, доктор Кол систематически увеличивал свободу передвижения Миллигана и список того, что ему позволено. Вначале Миллиган не мог выходить на улицу без сопровождения, затем ему разрешили самостоятельные короткие прогулки в пределах больничной территории при условии, что он будет отмечаться в журнале, как делали другие пациенты.
Шли месяцы. Постепенно его, с двумя сопровождающими, стали отпускать в город (купить принадлежности для рисования, встретиться с новым адвокатом, положить в банк деньги, вырученные от продажи картин). Затем позволили покидать территорию больницы в сопровождении одного человека. Доктор Кол провел Билли через интенсивную ролевую терапию, готовя его к самостоятельности.
Глава Управления по условно-досрочному освобождению Джон У. Шумейкер, отступив от своей обычной практики в отношении досрочно освобожденных душевнобольных, продолжал отслеживать процесс лечения Билли Миллигана. Ранее судья Флауэрс расстроил его планы по водворению Миллигана в тюрьму, и теперь Шумейкер выжидал, когда Миллиган «выздоровеет» и выйдет из-под юрисдикции суда, чтобы бросить его в тюрьму на оставшиеся тринадцать лет.