Именно тогда в Польше появился некто, назвавшийся царевичем Димитрием. Потихоньку, вокруг него создалась группировка опальных бояр, и в 1604 году он с войском, состоявшим в основном из поляков и запорожцев, отправился в поход на Русь. После нескольких побед на начальном этапе похода, его разбил посланный Годуновым Василий Шуйский при Добрыничах. Но, вместо того, чтобы добить самозванца, Шуйский развязал террор против местного населения, тогда как Лжедмитрий удалился во взятый им ранее Путивль. А вскоре умер царь Борис, и многие перешли на сторону «царевича Димитрия». В июне того же года новый «царь» въехал в Москву, а молодого царя Федора Борисовича и его мать убили по его распоряжению.
Вскоре, Василий Шуйский вернулся в Москву и быстро стал одним из приближенных Лжедмитрия. Он объявил, что царевича действительно приказал убить Годунов, но вместо него убили слугу, а сам Димитрий сумел бежать из Углича. Впрочем, Лжедмитрия вскоре сверг восставший московский народ, и Шуйский, которого короновали в 1606 году, объявил, что царевич «заклан бысть» от «лукаваго раба Бориса Годунова». Шуйский пробыл царем очень недолго, но с тех пор никто и не сомневался, что Борис был виновен в смерти мальчика, да и вообще был величайшим злодеем.
Многие историки девятнадцатого века, начиная с Карамзина, впервые за долгие годы отметили и заслуги Годунова, но большинство из них верили в то, что он приказал убить царевича. Впрочем, уже в 1829 году Михаил Погодин сказал про это, что убийцам не было смысла «вместо тихого яда действовать звонким ножом <…> Сколько невероятностей! Сколько несообразностей!». Сергей Платонов и Руслан Скрынников, а за ними и большинство последующих историков, тоже считали версию об убийстве не выдерживающей критики.
А мне это напомнило драму Шекспира про Ричарда III, точно так же выставленного самым большим злодеем за всю английскую историю. Его главным «преступлением» было убийство «принцев в башне», Эдуарда и Ричарда, племянников, которым престол якобы принадлежал по праву. Но, как оказалось позже, версия эта появилась уже после смерти Ричарда и узурпации трона Генрихом Тюдором, будущим Генрихом VII. На самом деле, коронован Ричард был только после того, как его племянников признали рождёнными вне брака, а его – законным наследником. Так что убивать племянников у него смысла не было, да и есть упоминания о них в самом начале правления Генриха. Судя по всему, убиты они были при Генрихе, при котором были убиты сотни, если не тысячи его противников. Но в 1515 году, через двадцать шесть лет после смерти Ричарда, история об их убийстве Ричардом впервые была запущена в массы и постепенно обрастала всякими подробностями. Кстати, сын Генриха VII, Генрих VIII, стал, вероятно, самым кровавым европейским монархом средневековья и нового времени. Но тираном и убийцей считается не он, а Ричард.