Царь Федор, у которого Борис Годунов был правой рукой, послал следственную комиссию под началом боярина Василия Шуйского. Согласно заключению комиссии, найденной позже в архивах, все свидетели в один голос утверждали, что погиб царевич в результате несчастного случая – у него начался приступ «падучей болезни», как тогда называли эпилепсию, и свая случайно попала ему в горло. Некоторые – в частности, мать царевича, Мария Нагая – утверждали, что убили его люди Годунова; людей, кого она обвиняла, допросить не удалось – их сразу после смерти Димитрия разорвала толпа. И, хотя никто из тех, кто распространял эту версию, не присутствовал при ранении царевича, многие противники Бориса поверили ей – или сделали вид, что поверили.
В 1598 году, царь Фёдор умер, не оставив после себя потомства. Созванный для выборов нового царя Земский собор обсуждал кандидатуру Ирины, вдовы Федора, но большинство было против. Тогда предложили кандидатуру Годунова, который являлся не только главным советником покойного царя, но и родным братом царицы. Борис сначала отказался, но после многочисленных просьб согласился стать новым царем.
Борис показал себя весьма способным правителем, но тот факт, что он был не из Рюриковичей, ему очень мешал. Многие бояре не принимали его избрания, считая, что им «невместно» подчиняться человеку, намного менее родовитому, чем они. Кто открыто саботировал его указы, кто готовил его свержение, кто поддерживал его недругов… Кроме того, в Москве и других городах кто-то усиленно распространял слухи о том, что именно Борис приказал убить царевича Димитрия.
Немаловажен тот факт, что брак Ивана Грозного с Марией Нагой был восьмым по счету и не был признан Церковью, которая дозволяет лишь три брака в течение человеческой жизни. Именно поэтому Димитрий считался незаконнорожденным и не имел никаких прав на престол. Но это не смущало тех, кто поднял мертвого царевича на щит в деле борьбы с неугодным им царем.
В отличие от Ивана Грозного, Борис не казнил смутьянов, ограничиваясь, как правило, ссылкой. Но бояре, подвергнутые опале, и их друзья в будущем станут приводить это как доказательство подлости нового царя. А когда в 1601 году в нашей истории начался голод, начали распространяться слухи о том, что это Божья кара за избрание Бориса на царство. Борис всячески пытался облегчить участь голодающих, накормить их, отдав практически все свои запасы, придумать для них работу, чтобы позволить им обеспечить свою семью. В частности, именно тогда продолжилось строительство колокольни Ивана Великого в Кремле. Но голод ширился, началось крестьянское восстание Хлопка, а версия о неправедно убиенном царевиче стала в народе основной.