Когда образовалось Федеральное агентство правительственной связи и информации при президенте России, его назначили первым заместителем начальника управления по работе с личным составом. Но в ФАПСИ он проработал всего несколько месяцев. Видимо, не поладил с директором агентства. Его перевели к пограничникам. Обязанности: учеба войск, воспитание, учебные заведения. Потом был назначен директором Федеральной пограничной службы.
Бордюжа стал регулярно приходить в Кремль и многих буквально очаровал. Худощавый, подтянутый, улыбчивый — военная косточка, спокойный, внимательный, умеет ладить с людьми. Чем не кандидат в преемники? В сентябре 1998 года нового ельцинского фаворита сделали секретарем Совета безопасности, а в декабре еще и поставили во главе президентской администрации.
Такой концентрации власти не было ни у кого из кремлевских администраторов. Генерал очертил себе круг обязанностей, вопросы экономики в них не входили. Известно было, что он симпатизирует Евгению Максимовичу.
Генерала призвали в Кремль в тот момент, когда Ельцин был очень слаб и левая оппозиция требовала его отставки. В книге «Президентский марафон» мотивы назначения Бордюжи изложены весьма откровенно:
«Легко стучать кулаком по думской трибуне, в очередной раз «отправляя в отставку» ненавистного Ельцина, выводить на площади колонны демонстрантов под красными флагами, когда он лежит в больнице. Труднее это сделать, когда рядом с президентом возникает фигура генерал-полковника, который одновременно совмещает две важнейшие государственные должности — и главы администрации, и секретаря Совета безопасности».
Ельцин и его окружение надеялись, что молодой генерал-полковник станет им надежной защитой. Но исполнительный и доброжелательный офицер оказался непригодным к этой работе. Он не только не разобрался в сложнейших кремлевских интригах, но и не проявил к ним ни малейшего интереса и склонности. Он либо совершенно не понял, чего от него ждут, либо не желал этим заниматься.
Бордюжа, условно говоря, был Путиным номер один. Но Бордюжа подкачал. У него не оказалось лидерской жилки, которая сразу же проявилась у Путина. Не проявил генерал и других искомых качеств — беспредельной жесткости и твердости.
Ельцин в Бордюже разочаровался.
К тому же Бордюжа еще имел несчастье тесно сотрудничать с Примаковым, которого уважал и которого в Кремле многие ненавидели и боялись. На совещании в администрации Николай Николаевич сказал:
— Активизация позитивных ожиданий у населения после формирования нового правительства во многом связана с именем Примакова — прагматика и человека дела.