Примаков не участвовал в президентских выборах.
За день до голосования в Государственную Думу, 17 декабря 1999 года, он специально появился на телеэкранах, чтобы заявить о своем твердом намерении баллотироваться в президенты. Нужды в этом не было, но Евгений Максимович желал подчеркнуть свою решимость идти до конца и добиваться победы. Но результаты думского голосования были разочаровывающими.
Он объяснял, что его слова накануне парламентских выборов в декабре 1999 года были навязаны ему советниками. Они доказывали, что это надо обязательно сделать, это прибавит голосов блоку «Отечество — Вся Россия».
Потом будут задавать вопросы: почему Примаков совершил так много ошибок в предвыборную кампанию? Почему организаторы и планировщики кампании позволили ему втянуться в прямую полемику с тележурналистом Сергеем Леонидовичем Доренко, хотя это не его уровень, критиковать чеченскую войну, хотя ясно было, что избирателю это не понравится?
Примаков говорил, что избирательная кампания была плохо организована, что ему давали плохие советы, что сам он выступал лучше. Но все это, скорее, детали. В аппарате «Отечества — Вся Россия» недооценили подвижность массового сознания и были уверены в избрании Примакова. Взрывы в Москве изменили массовое сознание. Люди предъявили новые требования к власти и к первому человеку в стране, и идеально на месте оказался Путин. Кроме того, правящий класс, губернаторы, большие и малые чиновники уже переориентировались на нового хозяина.
Первоначально Евгений Максимович принял на себя обязанности лидера фракции «Отечество — Вся Россия» в новой Государственной Думе. Он оказался руководителем сравнительно небольшой фракции. И победители на каждом шагу, начиная с распределения мест в комитетах Думы, напоминали ему о неудаче на выборах.
Понимая реальную ситуацию в стране, Примаков 4 февраля 2000 года, выступая по телевидению, отказался участвовать в заведомо проигрышной президентской кампании:
— После 17 декабря 1999 года, когда я сказал о согласии на участие в президентской гонке, я получил поддержку, тысячи телеграмм и писем. Это меня должно было утвердить в положительном решении, однако во время выборов и в начале работы в Госдуме я почувствовал, как далеко наше общество от гражданского облика, от истинной демократии. Я не думаю, что положение может коренным образом измениться за несколько недель.
Чтобы противостоять Путину, Евгений Максимович должен был возглавить оппозицию — левую или правую, но он не принадлежал ни к той, ни к другой. Да и вообще не был он оппозиционером. Примаков уже в первой половине 2000 года хотел уйти из практической политики, говорил об этом близким. 3 сентября 2001 года Примаков ушел с поста руководителя фракции.