Примаков встречался с активистами оппозиционного Народного фронта Азербайджана, представителями интеллигенции, журналистами, 18 января он выступал на митинге, пытаясь убедить многочисленную толпу, собравшуюся на площади, успокоиться и разойтись. Его слушали, но не расходились. Разговоры не помогали. Люди ждали каких-то действий.
19 января 1990 года президиум Верховного Совета СССР своим указом ввел чрезвычайное положение в Баку в связи с «попытками преступных экстремистских сил насильственным путем, организуя массовые беспорядки, отстранить от власти законно действующие государственные органы и в интересах защиты и безопасности граждан».
Москва требовала прекратить беспорядки и восстановить власть в республике. Но как? Единственной силой, способной на это, казалась армия. Тогда шутили: советская власть в Закавказье — это воздушно-десантные войска плюс военно-транспортная авиация.
Тульской воздушно-десантной дивизией командовал полковник Александр Иванович Лебедь, которому еще только предстояло стать знаменитым. В ночь с 19 на 20 января его десантники начали входить в город. Союзные войска пришли слишком поздно, чтобы остановить армянские погромы.
А в Азербайджане восприняли ввод войск как шок, как вторжение иностранной армии, как оккупацию. Бакинская молодежь пыталась противостоять вводу войск. Солдаты прорывались через баррикады, через перегородившие дороги грузовики под огнем стрелкового оружия и градом камней. Десантники пустили в ход оружие. В ночном бою погибло около двухсот человек.
Фактически республика вышла из подчинения Москве.
В ночь на 21 января собрался Верховный Совет Азербайджана. Он приостановил действие союзного указа об объявлении в Баку чрезвычайного положения и потребовал вывести войска из города. Действия войск министерства обороны, МВД и КГБ СССР были признаны противоправными.
В кровопролитии стали обвинять и Примакова, считая, что это именно он вызвал войска в Баку и как старший по партийному званию руководил их использованием.
Виталий Игнатенко:
— Он вернулся из Баку больным человеком. Он, как никто, понимал национальный характер людей, с которыми случилась такая беда, и невероятную ответственность, которую на него возложили. Но то, что там события не развились в более жесткие и кровавые формы, это заслуга Примакова и тех, кто с ним там был. Он сумел все-таки остановить кровопролитие, дальше стало проще.
В марте 1990 года Примаков к своему величайшему облегчению освободился от обязанностей в Верховном Совете. Горбачев назначил его членом новой структуры — Президентского совета.