На смену Медицинской коллегии как самостоятельного административного органа был организован Медицинский совет. Он вошел в состав Департамента внутренних дел, который имел более широкие задачи, нежели современное Министерство внутренних дел. Судебно-медицинская служба находилась в составе 1-го отделения экспедиции Медицинского совета, в ее обязанности входило: "давать суждения в следственных уголовных и гражданских делах, требующих знания медицинской науки".
В 1809 г. Медицинский совет был в составе Министерства народного просвещения. В 1811 г. был учрежден еще один Медицинский совет при Министерстве полиции, который по линии судебной медицины должен был заниматься "рассмотрением следствий о скоропостижно умерших и ревизией свидетельств в сомнительных случаях по делам гражданским и уголовным". В 1819 г. Министерство полиции было объединено с Министерством внутренних дел. В 1822 г. Медицинский совет при Министерстве народного просвещения сливается с Медицинским советом Министерства внутренних дел, в документах того времени указывалось, что это сделано "для прекращения затруднений, происходящих от разделения предметов, к медицинскому управлению принадлежащих... и для установления единства в производстве дел судебной и полицейской медицины".
Под эгидой Медицинского совета и по указанию министра внутренних дел в 1929 г. были изданы и разосланы на места правила для судебно-медицинского осмотра и вскрытия тел. По сути дела, это был наиболее полный учебник по судебной медицине для того времени. В работе над ним приняли участие видные деятели русской медицины профессора медико-хирургической Академии, члены Медицинского совета И.В. Буяльский, А.С. Громов, А.П. Нелюбин.
В положении о Медицинском совете, утвержденном в 1836 г., судебно-медицинские функции сводились к следующему.
- По части ученой: цензура медицинских сочинений и публичных объявлений, относящихся собственно к медицинской полиции и судебной медицине...
- По части судебной: рассмотрение следствий о скоропостижно умерших и ревизия свидетельств в сомнительных случаях по делам гражданским и уголовным, когда требуется заключение медицинского ведомства; химическое испытание различных составов в судебных следствиях.
В 1841 г. было издано распоряжение об устройстве Медицинского совета, по которому он являлся в Империи высшим органом по "врачебно-ученым, врачебно-полицейским и врачебно-судебным делам".
Это положение действовало до 1904 г.
За ошибки и преступления в судебно-медицинской деятельности на врачей накладывались достаточно суровые взыскания. Например, члены Виленской врачебной управы были преданы суду за то, что они прикрывали преступления помещицы Смигельской, обвинявшейся в истязании крепостной девочки. В 1843 г. судебный медик "Ростиславлев в заключении о смерти Калмыковой, отравившейся мышьяком, принятым ее по ошибке, написал, что смерть ее последовала от апоплексического удара, хотя при судебно-химическом исследовании ее внутренностей был обнаружен мышьяк". Решением Медицинского совета врач был отдан под суд и лишен права производства судебно-медицинских исследований.