В средине XIX в. были подняты и нормативно решены вопросы пределов компетенции судебно-медицинских экспертов. По сути дела, были значительно ограничены возможности вмешательства судебных медиков в решение вопросов об убийстве или самоубийстве, и иных, относящихся к компетенции суда. Указ 1847 г. предписывал, "чтобы врачи, призываемые для анатомических осмотров и свидетельства мертвых тел по уголовным исследованиям, давали заключения только по тем предметам, кои относятся до судебной медицины и медицинской полиции, не позволяя себе входить вместе с тем в рассуждения и давать заключения о предметах, подлежащих рассмотрению и определению суда". Указ, переданный на рассмотрение Медицинского совета, был им несколько изменен и дополнен, в частности врачам было дано право обращать внимание судей на медицинские обстоятельства, имеющие отношение к судебной квалификации преступлений и иным вопросам, решаемым судом. В дополнениях и изменениях, внесенных Медицинским советом, обозначено: "Врачи при некоторых исследованиях (детоубийство, самоубийство, изнасилование), когда откроются обстоятельства, хотя не имеющие отношения к судебной медицине, но тесно связанные с вопросами об умысле, неосторожности, виновности подсудимых, должны обратить внимание судей для пояснения юридических вопросов, чтобы они не могли остаться незамеченными".
В первой половине XIX столетия судебно-медицинская деятельность осуществлялась на трех уровнях. На местах, в уездах, и городах, соответствующая работа проводилась отдельными врачами - первая инстанция. На уровне административных объединений, включающих уезды и города, действовали врачебные управы. Высшая судебно-медицинская инстанция находилась в Медицинском совете. В ее задачи входила инспекция врачебных управ, а также вынесение суждений и решений по особо сложным судебно-медицинским делам.
С отменой крепостного права были проведены земская, городская, судебная и другие реформы 1863-1874 гг., они коснулись и судебной медицины. В 1865 г. врачебные управы, которые осуществляли судебно-медицинские функции, были присоединены к губернским управлениям, а с 1866 г. стали называться врачебными отделениями губернских управлений. Чисто организационные изменения не коснулись существа работы по линии судебной медицины.
Во второй половине XIX в. на базе кафедр судебной медицины медицинских учебных заведений начали возникать школы судебной медицины, оказавшие большое влияние на развитие этой науки. Московская школа судебных медиков сложилась на базе кафедры судебной медицины Московского университета. Ее основоположниками принято считать профессоров Д.Е. Мина и И.И. Нейдинга. Получили известность работы видного московского судебного медика профессора П.А. Минакова. Главным консультантом по судебной медицине и медико-полицейским делам Московской городской полиции долгое время был эксперт М.А. Белин, он считался лучшим в своем деле на тот период времени.