Поражение Германии в Первой мировой войне в ноябре 1918 г. резко ослабило позиции прогерманского лобби на Дону и самого атамана Краснова, прекратилась германская помощь, заметно ухудшилось стратегическое положение региона. С уходом немцев с Украины вся западная граница Донской области становилась открытой для ударов красных. Снабжение Донской армии было замкнуто на единственную железнодорожную ветку, поэтому, угрожая прервать снабжение, большевики вынудили донское командование выставить на фронт все резервы. Впрочем, и это не помогло. Содержание значительной армии для Донской области, не имевшей ни достаточного количества подготовленных командных кадров, ни соответствующей материально-технической базы, являлось непосильной задачей. Важную роль в боевом обеспечении играли трофеи. Боеприпасы донцам частично поставляли немцы, а позднее англичане.
На фоне усиления Добровольческой и разложения Донской армии Краснов был вынужден пойти на уступки Деникину. На станции Торговая 26 декабря 1918 г. (8 января 1919 г.) состоялось совместное совещание, по итогам которого были созданы Вооруженные силы на Юге России, объединившие добровольцев, донцов, кубанцев и горцев под общим командованием Деникина. Последующие события привели к полному подчинению Дона добровольческому командованию.
Уже в январе 1919 г. несколько полков в Верхнедонском округе отказались сражаться, в феврале Донская армия была вынуждена отступить за Дон, а затем и за Донец. Большой Войсковой круг в феврале 1919 г. потребовал отставки командования Донской армии. Краснов был вынужден также уйти в отставку, передав 6 (19) февраля атаманский пернач проденикински настроенному генерал-лейтенанту А.П. Богаевскому. На этом автономный период борьбы Дона с большевиками закончился.
По итогам встречи с представителями Кубани 10 (23) июня 1918 г. генерал М.В. Алексеев с горечью отмечал: «Уже ранее из разговоров с [Л.Л.] Бычом для меня была ясна суть пожеланий, домогательств этих жалких представителей “казачьего войска”, их идеалы»[538]. Тем не менее Кубань не имела возможности вести самостоятельную борьбу с большевиками, казаки фактически влились в состав Добровольческой армии.
В ноябре 1918 г. на открытии Кубанской рады в Екатеринодаре командующий Добровольческой армией генерал Деникин произнес речь, в которой призвал к единству в борьбе и заявил о признании необходимости широкой автономии составных частей России, в том числе и казачьих областей. Такое заявление было призвано повлиять на настроения политической верхушки Кубани, которая среди всех казачьих войск в тот период отличалась наибольшим стремлением к сепаратизму и русофобии (одним из штампов кубанской пропаганды того периода являлось выражение «проклятые москали»)