По итогам сентябрьского Государственного совещания в Уфе возникло Временное Всероссийское правительство (Директория), вооруженные силы Народной и Сибирской армий объединялись. Верховным главнокомандующим всеми сухопутными и морскими вооруженными силами России (реально – антибольшевистскими вооруженными силами на Востоке России) стал генерал-лейтенант В.Г. Болдырев. Этот генерал позиционировал себя как выходца «из мужиков» и гордился своим незнатным происхождением. По своим взглядам Болдырев был близок к правым эсерам, выступал сторонником народного самоуправления. Разумеется, в Гражданскую войну подобные взгляды являлись наивным идеализмом и утопией, поскольку для победы требовались жесткие авторитарные методы управления.
В результате объединения антибольшевистских сил Востока России под единым командованием осенью 1918 г. командный состав Народной армии эсеровского Комуча оказался на вторых ролях. Впоследствии некоторые ветераны Народной армии лишь собственными заслугами смогли добиться продвижения на руководящие посты. Между тем многие представители командного состава их воспринимали как эсеров, что не соответствовало действительности. В это время на Востоке России развернулось острое военно-политическое противоборство между эсерами и их сторонниками и правыми кругами, лидером которых выступил А.В. Колчак. Именно он в результате омского переворота 18 ноября 1918 г. занял пост Верховного правителя России. Офицеры сыграли важнейшую роль в омском перевороте. Среди участников переворота был и приехавший из Добровольческой армии полковник Д.А. Лебедев, вскоре назначенный начальником штаба Ставки Колчака.
После прихода к власти Колчака офицеры, ориентировавшиеся на эсеров (а таких было немало среди офицеров военного времени), оказались в оппозиции и в дальнейшем всячески подрывали колчаковские войска изнутри (на территории Сибири действовало эсеровское военное подполье, видную роль в котором играл штабс-капитан Н.С. Калашников, впоследствии он возглавил антиколчаковское восстание в Иркутске и сумел захватить город, что предопределило последующую гибель Колчака). Многое в организации белых армий повторяло порядки старой армии и воспринималось офицерами не всегда положительно. Так, один из колчаковских офицеров, В.С. Савченко, жаловался в феврале 1919 г. на плачевную ситуацию с наградами за Пермскую операцию и отмечал, что положение напоминает «старый николаевский режим»[286].
Очевидцы отмечали отсутствие единообразия в устройстве колчаковских войск: «Каждую дивизию и корпус можно было определить по совершенно своеобразным настроениям и приемам, которые в них господствовали»