Командованию персидской армии была поставлена задача захватить Закавказье, овладеть Тифлисом и отбросить русские войска за Терек. Главные силы были поэтому направлены из Тавриза в район Куры, а вспомогательные – в Муганскую степь, чтобы блокировать выходы из Дагестана. Иранцы также рассчитывали на удар кавказских горцев с тыла по русским войскам, которые были растянуты узкой полоской вдоль границы и не располагали резервами. Помощь персам обещали карабахские беки и многие влиятельные лица соседних провинций, которые поддерживали постоянные контакты с персидским правительством и даже предлагали вырезать русских в Шуше и удерживать её до подхода иранских войск.
Первый удар 31 июля 1826 по российской территории нанесла 16-тысячная группировка эриванского сердара Хусейн-хан Каджара, подкреплённая курдской конницей численностью в 12 000 человек. Русские войска на границе Грузии, во всём Бомбаке и Шурагели насчитывали около 3000 человек и 12 орудий – донской казачий полк подполковника Андреева, два батальона Тифлисского пехотного полка и две роты карабинеров. Сильные персидские отряды легко сметали на своём пути разбросанные малочисленные русские посты.
Одновременно Гассан-ага, брат эриванского сардара, с пятитысячным конным отрядом курдов и карапапахов перешёл на российскую территорию между горой Алагёз и турецкой границей, грабя и сжигая на пути к Гумрам армянские селения, захватывая скот и лошадей, истребляя сопротивлявшихся местных жителей-армян. Уничтожив армянское село Малый Караклис, курды приступили к методическим нападениям на обороняющихся в Большом Караклисе.
В половине июля 1826 года сорокатысячная армия Аббас-Мирзы форсировала Аракс у Худоперинского моста. Получив известие об этом, полковник И. А. Реут приказал отвести все войска, находящиеся в Карабахской провинции, в крепость Шушу. При этом трём ротам 42-го полка под командованием подполковника Назимки и присоединившейся к ним сотне казаков не удалось пробиться к Шуше из Герюсов, где они дислоцировались. Иранцы и восставшие азербайджанцы настигли их, и в ходе упорного боя половина личного состава погибла, после чего остальные по приказу командира сложили оружие.
Гарнизон крепости Шуши составил 1300 человек. Казаки за несколько дней до полной блокады крепости согнали за её стены семейства всей местной мусульманской знати в качестве заложников. Азербайджанцев обезоружили, а ханов и наиболее почётных беков посадили под стражу. В крепости укрылись также жители армянских сёл Карабаха и азербайджанцы, оставшиеся верными России. С их помощью были восстановлены полуразрушенные укрепления. Полковник Реут для укрепления обороны вооружил 1500 армян, которые вместе с русскими солдатами и казаками находились на передовой линии. В обороне участвовало и некоторое число азербайджанцев, изъявивших свою верность России. Однако крепость не располагала запасами продовольствия и боеприпасов, поэтому для скудного питания солдат пришлось использовать зерно и скот армянских крестьян, укрывшихся в крепости.