Тем временем местное мусульманское население в массе своей присоединилось к иранцам, а не успевшие укрыться в Шуше армяне, бежали в гористые места. Мехти-Кули-хан – бывший правитель Карабаха – вновь объявил себя ханом и обещал щедро наградить всех, кто к нему присоединится. Аббас-Мирза, со своей стороны, заявил, что воюет только против русских, а не против местных жителей. В осаде принимали участие английские, австрийские и французские офицеры, находившиеся на службе у Аббас-Мирзы. Для того, чтобы разрушить стены крепости, по их указаниям под крепостные башни были подведены мины. По крепости вели непрерывный огонь из двух артиллерийских батарей, однако в ночное время обороняющимся удавалось восстанавливать разрушенные участки. Для внесения раскола в ряды защитников крепости Аббас-Мирза приказал согнать под стены крепости несколько сот местных армянских семей и пригрозил казнить их, если крепость не будет сдана, однако и этот план не имел успеха.
Оборона Шуши продолжалась 47 дней и имела огромное значение для хода военных действий. Отчаявшись овладеть крепостью, Аббас-Мирза в конце концов отделил от основных сил 18 000 человек и направил их к Елизаветполю, чтобы нанести удар по Тифлису с востока.
Получив сведения, что основные персидские силы скованы осадой Шуши, генерал Ермолов отказался от первоначального плана отвести все силы вглубь Кавказа. К этому времени ему удалось сосредоточить в Тифлисе до 8000 человек. Из них был сформирован отряд в 4300 человек под командованием генерал-майора князя В. Г. Мадатова, который повёл наступление на Елизаветполь, чтобы остановить продвижение персидских сил к Тифлису и снять осаду с Шуши.
Тем временем в Бомбакской провинции русские части, отражавшие налёты курдской конницы на Большой Караклис, 9 августа начали отход на север, за Безобдал, и к 12 августа сосредоточились в лагере при Джалал-Оглы. Курдские отряды широкой лавиной растеклись по ближайшей местности, уничтожая селения и вырезая армянское население. 14 августа они напали на немецкую колонию Екатеринфельд, всего в 60 км от Тифлиса, после длительного боя сожгли её и вырезали почти всех жителей.
Всего этого ещё не знали в Москве, готовящейся к коронации нового императора. На усиление Ермолову были высланы только одна пехотная и одна конная дивизии, под командой генерала Паскевича.
После коронации события стали развиваться стремительно. С юга пришли первые неутешительные вести, из Финляндии писал о событиях в Аландах Гейден, а Великий князь Константин сообщил о предложениях возглавить борьбу за трон со стороны представителей Англии, обещавших всемерную поддержку в обмен на независимость Польши и Финляндии.