Однако Алонсо де Кабальериа выделяется не как наследный принц, а как один из немногих людей своего времени, которые бросили вызов инквизиции, но все же выжили и добились процветания. Алонсо пользовался большим уважением короля и был человеком выдающихся достоинств и мужества. Когда Святая палата, действуя, как обычно, на основании доносов анонимных осведомителей, арестовала его по обвинению в укрывательстве беглецов, а также по подозрению в том, что он сам был иудаистом, Кабальериа решительно отказался признать юрисдикцию церковного суда или власть Торквемады. Перешагнув через их изумленные тонзуры, он обратился напрямую к папе и даже подал святому отцу безбоязненную жалобу на инквизиторов.
И небеса не рухнули на землю, хотя многие добрые люди тревожно поглядывали на них. Отважный и дерзкий вице-канцлер был сыном богатого еврейского аристократа, который, приняв крещение, сменил свое имя с Бонафоса на Кабальериа. Личность обвиняемого и сила его убеждений побудили папу Иннокентия VIII в памятный день, 28 августа 1488 года, издать указ, запрещающий инквизиции продолжать преследование Кабальериа. Солнце по-прежнему всходило на востоке и садилось на западе, но перед раздраженными глазами брата Томаса Торквемады плясали черные пятна. Он решился отвергнуть решение папы, заявляя, что голословные утверждения показали несостоятельность обращения Кабальериа к Риму. Папа, однако, был настроен показать, кто тут главный, и 20 октября протокол дела против вице-канцлера передали в Ватикан, где преследование Кабальериа было предано архивариусами тихому забвению. Алонсо де Кабальериа продолжал жить, чтобы добиться многих почестей и подняться в ранге вплоть до главного судьи Арагона.
Мы можем сделать вывод, насколько редко намеченная жертва избегала ядовитых укусов инквизиторского гения благодаря тому вниманию, которое Льоренте, великий католический историк и критик испанской инквизиции, уделяет делу Кабальериа в своей Memoria Historica и в Historia Critica. Инквизицию создали для искоренения ереси, и она не намеревалась терпеть неудачи в Испании из-за недостатка энергии, скрупулезности или бдительности. Новые христиане представляли собой самую серьезную проблему, и за ними приходилось постоянно следить — тысячи процветающих и послушных подданных испанского государя, евреев и мавров, которые, повинуясь королевскому указу, приняли христианство и были крещены, но которым завидовали, которых подозревали и вообще считали неискренне обратившимися. Нельзя, чтобы кто-то пел арабскую песню или чтобы у кого-то заметили крашенные хной ногти. Для спасения души Испании каждый, кто подозревался в «слишком частом купании или даже слишком строгом соблюдении субботы», должен был страдать на дыбе или в пыточном кресле.