Президент отправил Баранникова в отставку 18 июля 1993 года, после гибели российских пограничников на таджикско-афганской границе с формулировкой: «За нарушение этических норм и утрату контроля за действиями российских погранвойск».
Степашин:
— Вместо Баранникова поставили Голушко. Ельцин неплохо к нему относился, но все равно считал его чужим — из КГБ Украины. Затем я Николая Михайловича сменил. Ельцин меня назначил как раз в день моего рождения в 1994 году.
Завел в заднюю комнатку и говорит:
— Ну давайте, Сергей Вадимович, действуйте. Вы же видите, это рухлядь какая-то. В девяносто третьем году — ни вашим, ни нашим, попрятались, сами себя охраняли. Ну что это за спецслужба? Вот и Николай Михайлович, вроде хороший человек, но…
Степашин, правда, так и не понял, что хотел от спецслужб Борис Николаевич.
Увольнение Баранникова стало громкой политической сенсацией и застало непримиримую оппозицию врасплох. Похоже, антипрезидентская команда связывала свои надежды с присутствием Виктора Павловича на Лубянке. Возможно поэтому с ним в Кремле и расстались. Подозрения в коррупции были лишь поводом.
Баранников покинул здание на Лубянке, но, как выяснилось, из политики не ушел.
21 сентября 1993 года появился указ президента Ельцина № 1400 о роспуске Съезда народных депутатов и назначении новых выборов. Часть депутатов во главе с председателем Верховного Совета Русланом Хасбулатовым не подчинилась указу. Они собрались в Белом доме, проголосовали за отстранение Ельцина от поста президента и утвердили новым президентом Александра Руцкого, который изъявил готовность руководить страной. 22 сентября в два часа ночи в Белом доме Руцкой огласил список сформированного им правительства. Министром безопасности он назначил Баранникова.
Баранников принял назначение, что определило его дальнейший путь.
Адвокат бывшего министра Дмитрий Давидович Штейнберг рассказывал мне несколько лет спустя:
— Ему позвонил Хасбулатов, чтобы он приехал в Белый дом. Он сначала отказался — болен, вы без меня разберетесь. Потом повторно его попросили приехать, помочь. Как он мне рассказывал — чтобы не было конфронтации. Он поехал.
Телевидение показало мрачную фигуру Баранникова в кожаном пальто. Почему он это сделал? Переполняла обида на президента Ельцина… Поверил, что Хасбулатов с Руцким победят и он триумфально вернется на Лубянку…
Евгений Савостьянов:
— Я провел встречу с Баранниковым. Он боялся, что я хочу его арестовать. Встретились под честное слово Лужкова на Тверской. Я его в сторону отвел, говорю: «Виктор Павлович, перестань дурака валять!» Он обещал: «Завтра я ухожу из Белого дома». На пресс-конференции я сказал: «Не трогайте Баранникова и Дунаева». Я ожидал, что они уйдут. Но не судьба…