Поэтому в начале марта 1935 года Берия был избран членом ЦИК СССР и его президиума, а 17 марта его наградили первым орденом Ленина.
В 1936 году, накануне массовых репрессий, в ходе допроса в своем кабинете в состоянии аффекта он якобы застрелил первого секретаря ЦК компартии Армении А. Г. Ханджяна за допущенные им грубые ошибки в национальном вопросе. Такое обвинение повесил на Берию Хрущев. Тогда как все произошло совсем по-другому. Преемник Ханджяна А. С. Аматуни писал в письме, адресованном Л. П. Берии (его нашли позже, не уничтоженным Никитой Сергеевичем — Прим. авт.):
«Запутавшись в своих опасных политических ошибках, Ханджян пошел на предательский и провокационный акт самоубийства, направленный против партии… несмотря на огромную помощь, которую оказывал ему лично товарищ Берия… За время после разоблачения Ханджяна (10 месяцев) по Армении изобличено и арестовано 1365 человек (из них дашнако-троцкистов — 900 человек».
А уже в 1937 году он вместе с Г. М. Маленковым и А. И. Микояном провел «чистку» сначала партийной организации Армении, а затем Грузии и Азербайджана. Им якобы удалось вскрыть заговор среди партийного актива трех республик по выходу Закавказья из состава СССР и переходу под протекторат Великобритании.
С 17 января 1938 года он становится членом Президиума Верховного совета СССР, а 25 ноября 1938 года Берия был назначен наркомом внутренних дел СССР, сменив на этом посту «проштрафившегося» Н. И. Ежова. С приходом Берии на должность руководителя НКВД масштабы репрессий резко сократились.
Но через приказ НКВД № 001223 от 11 октября 1939 года он существенно расширил базу так называемых «антисоветских элементов». Кстати, Берия курировал операцию по убийству Льва Троцкого в 1940 году. А потом салазки репрессий вновь покатились под горку. 18 октября 1941 года Л. П. Берия по согласованию со И. В. Сталиным отдал приказ о расстреле без какого-либо приговора суда или даже решения внесудебного органа «5 подследственных политических заключенных, включая ряд арестованных военачальников и их жен».
С 30 июня 1941 года Берия становится членом ГКО. Он выполнял главные поручения партии и правительства по управлению народным хозяйством. Фактически руководил обороной Кавказа в 1942 году и курировал производство самолетов и ракетной техники. Он принимал непосредственное участие в работах по атомному проекту, который Сталин подписал 11 февраля 1943 года для создания отечественной ядерной бомбы. Агентура внешней разведки помогла нашим ученым серьезно ускорить появление советского атомного оружия. Уже 29 августа 1949 года атомная бомба успешно прошла испытание на Семипалатинском полигоне.