Медленно тянулось заточение, разрушающее и убивающее в человеке волю к жизни. Он не понимал, за что его — патриота — так сурово наказали. В книге Бытия, как понимал тюремный пленник, немало примеров наказания тех, кто ослушался воли Господа. В то же время нельзя сказать, чтобы этим путем был достигнут серьезный воспитательный эффект.
Весь срок Павел Анатольевич просидел в изоляции от общества и семьи, как говорится, «от звонка до звонка». Отбывая наказание во Владимирской тюрьме, он перенес три инфаркта, ослеп на один глаз и получил инвалидность 2-й группы.
По словам сына Судоплатова Анатолия, «…в жизни отец был большим оптимистом, никогда не унывал, трезво относился ко всему происходящему. Неоднократно мне говорил, что человек сам создает свое благополучие в работе, особенно такой, как у него, где все надо просчитывать на один шаг вперед. Он говорил:
— Я имею главное право, командно-моральное право посылать людей на опасную работу, потому что узнал на своей судьбе, что такое нелегальный труд…
Он рисковал десятки раз и мог погибнуть в боях на невидимом фронте. Хрущев не рисковал почему-то ничем на своих партийных постах, плодя ошибки и промахи, за которые расплачивалась страна и конкретные люди, в том числе и кровью. Теперь выходило, что этот человек, коварством и хитростью взобравшись на государственный трон, расправлялся с теми, кто много чего знал о злодействах преемника Сталина.
После освобождения 21 августа 1968 года, Судоплатов вернулся в Москву и занялся литературной деятельностью. Под псевдонимом Анатолий Андреев опубликовал три книги: «Горизонты: Повесть о Станиславе Косиоре», «На жестоком берегу: Повесть о Марцелии Новотко» и «Конь мой бежит».
Активно участвуя в ветеранском движении, он более 20 лет боролся за свою и боевых товарищей реабилитацию. Полностью был реабилитирован постановлением Главной военной прокуратуры РФ от 10 января 1992 года.
Незадолго до смерти в соавторстве с сыном Анатолием Судоплатовым (1943–2005) опубликовал книгу воспоминаний о своей жизни и работе «Разведка и Кремль: Записки нежелательного свидетеля» на английском, немецком и русском языках.
П. А. Судоплатов скончался 24 сентября 1996 года.
Автору довелось встретиться с героем повествования и описать свои впечатления о нем в одной из своих книг.
Утром 27 сентября 1996 года около здания, расположенного на территории «шестигранника» Главного военного клинического госпиталя ФСБ РФ собрались коллеги и друзья нашего героя. Это были бывшие нелегалы, партизаны, диверсанты…
Они сражались в годы Великой Отечественной войны за линией фронта в тайных операциях против немецко-фашистских поработителей. Стояли постаревшие бойцы в скорбном молчании. Они все были награждены Родиной, но пришли без орденов и медалей. Словно знали: у гроба своего учителя не будет его наград — их у него отобрали чиновники Хрущева. И они, его подчиненные, знали, что власть к нему отнеслась еще суровей, чем к ним.