Третья версия гласит, что физическое устранение произошло по указанию Хрущева силами украинского НКВД. Ее поддерживал и Брайко. В частности, он утверждал, что гибель Руднева совпала с прибытием в партизанский отряд Ковпака члена ЦК КП(б) Украины И. К. Сыромолотного, который сразу же заявил, что его задача уничтожить «врага народа» Руднева.
В период репрессий 1937–1938 годов Руднев арестовывался во время службы на Дальнем Востоке, но, к счастью, был освобожден «за недоказанностью».
Такое заявление, как писал Брайко, вызвало взрыв негодования среди личного состава партизанского соединения, даже возникло намерение уничтожить провокатора Сыромолотного, но от самосуда удержал сам Руднев. Этот факт нашел документальное отражение в протоколе заседания парткома соединения от 16 апреля 1943 года, где содержится осуждение и протест против подобного поведения члена ЦК КП(б) Украины. Сыромолотный пытался отстранить от руководства соединением и другого героя партизанской войны — А. Н. Сабурова, но и там получил отпор со стороны партизан этого соединения.
Брайко убежден, что Сыромолотный не был столь значительной фигурой, чтобы принимать и проводить в жизнь подобные решения. Напрашивается вопрос: кто его мог послать к партизанам? Ответ один — Н. С. Хрущев. На Украине авторитетом он не пользовался. Авторитет же у Руднева и Сабурова на Украине был высок. В них украинцы стали видеть своих лидеров.
Весной 1943 года в Москву в ЦК ВКП(б) были вызваны два представителя партизанского соединения Ковпака. Принимал их Сталин в присутствии Берии. Вождь наряду с проблемами партизанского отряда интересовался Рудневым. Чувствовалась, что у него есть заинтересованность услышать о Рудневе отрицательное. Однако представители сообщили совсем другую информацию. Не только для партизанских отрядов, но и для населения территории Украины, оккупированной немцами, Руднев является общепринятым лидером украинского народа, за которым они готовы «идти в огонь и в воду». Напротив, Н. С. Хрущев среди украинского народа авторитетом не пользуется. Они так и заявили хозяину Кремля.
Брайко считал, что Сталин в тот момент располагал какими-то отрицательными данными о Рудневе. В 1930-х годах он был близок к ленинградской оппозиции, возглавляемой Зиновьевым. В момент разгрома этой оппозиции Руднев был военкомом Севастопольского укрепрайона и тогда не пострадал. Затем он — военком укрепрайона поселка Де-Кастри Ульчского района Хабаровского края. Многое делает там для воссоздания мощи УКРа, за что награждается орденом «Красная Звезда». В июне 1937 года его снимают с должности и назначают начальником политотдела соединения речных кораблей базы Краснознаменной Амурской флотилии. После ареста Блюхера Руднева тоже арестовывают 7 февраля 1938 года и объявляют «врагом народа». Позднее, как уже говорилось ранее, его освобождают. В 1939 году он по состоянию здоровья демобилизовался из армии и перебрался на Украину в город Путивль, где устроился председателем Путивльского райсовета Осовиахима. В сентябре 1941 года он создает партизанский отряд в Сумской области, который в октябре влился в отряд Ковпака. Руднева назначают комиссаром объединенного отряда.