Инициатором создания такой комиссии — точнее, проведения межведомственного совещания по борьбе со шпионажем — был П. А. Столыпин, министр внутренних дел, шеф Корпуса жандармов и одновременно председатель Совета министров. Идея совещания родилась у него после того, как в августе 1908 года начальник Генштаба генерал от инфантерии Ф. Ф. Палицын направил в Министерство внутренних дел разработанный его офицерами проект «Инструкции по контрразведке», в котором предлагался определенный порядок деятельности и взаимодействия всех заинтересованных ведомств.
Изучив документ, Петр Аркадьевич согласился с необходимостью ликвидации «пробелов» в сфере безопасности, но решительно отверг предложение военного командования о возложении «исполнительных функций всецело на жандармские и полицейские учреждения» при руководящей роли штабов военных округов. Столыпин отвечал, что, по его мнению, «контрразведка, в сущности, является лишь одной из отраслей политического розыска», а так как в штабах военных округов нет квалифицированных кадров, знакомых с «технической стороной розыска», то, с его точки зрения, взаимодействие со штабами могли бы осуществлять районные (региональные) охранные отделения. При этом расходы разыскных учреждений МВД для найма специальных агентов должно нести военное ведомство.
В декабре 1908 года была созвана Комиссия по контрразведке, работу которой возглавил М. И. Трусевич. Всесторонне проанализировав ситуацию, члены комиссии пришли к выводу о необходимости создания особых контрразведывательных органов (разрозненные действия подразделений тайной полиции, Генштаба и Морского Генерального штаба, а также разведотделений штабов приграничных округов были неадекватны масштабам военного шпионажа противостоящих России государств).
Комиссия констатировала: «Полное отсутствие денежного отпуска… недостаток знаний и опыта у случайно стоящих и постоянно меняющихся руководителей контрразведкой, неимение каких бы то ни было инструкций и правил, наконец, отсутствие пригодных агентов всех степеней, — все это не соответствовало успеху контрразведки».
В итоговом протоколе комиссии подчеркивалось: «Наиболее рациональной мерой контрразведки является организация правильной и широко поставленной секретной агентурной службы», имеющей сильные оперативные позиции в зарубежных центрах шпионажа, а также среди иностранных разведчиков, действующих в России. На ос-нове выводов комиссии впоследствии была разработана инструкция по ведению негласного расследования дел по шпионажу.
В частности, был сделан вывод, что особое внимание следовало уделить иностранным военным атташе, за которыми «необходимо периодическое наружное наблюдение (агентов же германских, австрийских, английских, японских, шведских, турецких, североамериканских, итальянских и германского офицера, состоящего при Особе Его Величества, необходимо обеспечить и внутренним наблюдением)».