Еще в октябре прикомандированный к ВЧК член ВЦИКа В. Э. Кингисепп подготовил докладную записку, адресованную В. И. Ленину, Я. М. Свердлову, Л. Д. Троцкому и зампредседателя ВЧК Я. X. Петерсу. Он писал, что «шпионаж, осуществляемый агентами президентов Вильсона и Пуанкаре, короля Георга, императора Вильгельма, российских контрреволюционеров Краснова, Алексеева, Савинкова, Дутова, Сибирской Директории, то есть агентов внешнего и внутреннего врага, слился воедино» и превратился в «орудие классовой борьбы против пролетарской республики». Борьба с контрреволюцией возлагалась на чрезвычайные комиссии, поэтому им, предлагал Кингисепп, необходимо передать и борьбу со шпионажем, создав при президиумах ЧК «особые секретные отделы».
В этих условиях Троцкому отступать было некуда — интересы дела все-таки были на первом плане. 12 ноября на заседании РВСР под его председательством с докладом «О разведке и Военном контроле» выступил член РВС Восточного фронта А. П. Розенгольц. По докладу было принято постановление: «Предлагается товарищам Аралову и Смирнову по соглашению с Дзержинским сформировать к завтрашнему дню комиссию по разведке и Военному контролю из трех членов, привести ее немедленно в движение и доложить Реввоенсовету Республики о ее составе».
Ключевые слова — «по соглашению с Дзержинским»…
Начальник Регистрационного управления РВСР Аралов отвечал за постановку агентурной разведки и контрразведки, а член РВСР Смирнов, заведующий политотделом Восточного фронта, непосредственно руководил контрразведкой, ЧК и военными трибуналами этого фронта.
На состоявшемся вскоре совещании председатель ВЧК Ф. Э. Дзержинский, С. И. Аралов, А. П. Розенгольц и военный консультант Окружного отдела ВК РВС Восточного фронта Н. Н. Асмус обсудили вопрос о слиянии органов ВК и ЧК, действующих в РККА. В принятом постановлении предусматривалось, что все фронтовые и армейские ЧК «переходят» в состав Военного контроля РВСР, который «реорганизуется» в «Особый отдел», выполняющий задачи по ведению в армии агентурной разведки, контрразведки и борьбы с подрывной деятельностью. Предполагалось, что его личный состав должен быть «очищен от продажных элементов» — под ними подразумевались военспецы — и укомплектован за счет «исключительно партийных работников». Постановлением в очередной раз определялось двойное управление военной контрразведкой — теперь уже «Особым отделом». Эти органы в войсках подчинялись политическим комиссарам и работали под контролем фронтового «Особого отдела». В частности, политкомиссары армий назначали «заведующих» «Особыми отделами» армий, но с обязательным утверждением их кандидатур фронтовым «Особым отделом». Для «чистки» и реорганизации отделов Военного контроля предполагалось образовать комиссию из трех человек, состав которой следовало согласовать с председателем ВЦИКаЯ. М. Свердловым — таким образом, решение межведомственного характера поднималось на высший государственный уровень.