Между тем большинство практических вопросов оставались открытыми: как должно идти слияние органов ВК и ЧК, какой должна быть структура нового органа? Главное, останется ли «Особый отдел» в РККА или станет частью ВЧК?
Девятнадцатого ноября ВЧК направил губернским, фронтовым и армейским ЧК циркулярную телеграмму № 6366 за подписью Ф. Э. Дзержинского и начальника Иногороднего отдела ВЧК В. В. Фомина. В ней объявлялось о роспуске выполнившей свою задачу «Прифронтовой ЧК» и о том, что «отныне существуют только такие комиссии: ВЧК как центральный орган, губчрезкомы, уездчрез-комы, фронтчрезкомы, армчрезкомы». Армейские чрезко-мы подчинялись фронтовым, фронтовые — ВЧК. Кроме того, они «подчинялись» еще и военному ведомству. Циркуляр заканчивался категорическим указанием, что «роспуск ЧК производится исключительно ВЧК». Хотя кроме губернских чрезкомов телеграмма была адресована ЧК Южного, Восточного и Северного фронтов и восьми армий, это не означало, что между ВЧК и указанными комиссиями действующей армии уже существовали непосредственные отношения и организационное единство. Впрочем, эти отношения были установлены достаточно быстро.
В конце ноября состоялась 2-я Всероссийская конференция чрезвычайных комиссий по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией и саботажем. В резолюции «Об армейских ЧК в действующей армии» конференция постановила «организовать» при фронтах и армиях чрезвычайные комиссии для обеспечения РККА «пресечения всяких попыток контрреволюционеров к провокационным выступлениям», наносившим вред «делу защиты РСФСР». ВЧК совместно с военным ведомством поручалось «выработать точные инструкции для фронтовых и армейских ЧК».
Для руководства армейскими и фронтовыми комиссиями существовавший в центральном аппарате ВЧК военный подотдел был реорганизован в военный отдел во главе с М. С. Кедровым, однако при том эти ЧК были подчинены также и «военному ведомству».
Кедров Михаил Сергеевич (1878–1941), Из дворян; член РСДРП с 1901 года. Окончил медицинский факультет Бернского университета. С 1916 года — военврач на Кавказском фронте. В 1917 году — член Всероссийского бюро военных организаций при ЦК РСДРП(б), редактор газет «Солдатская правда» и «Рабочий и солдат», заместитель наркома по военным делам. С сентября 1918 года — начальник Военного отдела ВЧК. С января 1919 года — заведующий (председатель) Особого отдела (Управления Особого отдела) ВЧК, одновременно с марта 1919 года член Коллегии ВЧК, с мая — особоуполномоченный ВЧК в Вологде, затем на Южном и Западном фронтах. Работал в Наркомпросе, ВСНХ, Верховном суде СССР, Госплане. В 1939 году арестован; расстрелян в июле 1941 года.