Скоро потом из бродячих промышленных людей образовалось сословие оседлое, зажиточное и пользовавшееся льготами. Это произошло таким путем: польские короли (они же и великие князья литовские), владевшие южнорусским краем, давали в Южной Руси, по давнему принятому в Польше обычаю, в управление и пользование знатным лицам города с уездами, которые в таком случае назывались «староствами», а господа, получившие староства, назывались «старостами». Видя необходимость защититься от татарских набегов, старосты раздавали козакам землю с обязанностью воевать, в случае надобности, против татар. Состояние козаков, не плативших никаких податей и не знавших никаких повинностей, было заманчиво и побуждало многих охотников поступать в козаки. Но молороссийский народ находился под властью «панов», т. е. дворян, и переход панских подданных в козачество был убыточен для владельцев; от этого они всеми силами старались не допустить большого числа козаков. Козаки были разделены на «полки», изъяты из-под власти старост и подчинены особому «гетману», или старшому, который выбирался ими и утверждался польским королем. Чтобы не допускать в число козаков лишних людей, время от времени производились «реестры», то есть списки козакам; из них исключались поступавшие самовольно и возвращались их прежним владельцам.
Между тем за днепровскими порогами на островах завелось укрепление, под названием «Запорожская Сеча». Там проживали большей частью люди молодые и холостые, самые отважные и удалые. В самую Сечь не допускали женщин, но поблизости козаки селились хуторами и держали свои семьи. Так как плавание через пороги было очень затруднительно и опасно, а также и сообщение степью с Сечей представляло неудобства, то панские подданные, убегая с места жительства, безопасно скрывались на Запорожье. Оттуда делались частые нападения сухопутьем на Крым и водою на турецкие владения. Козаки строили себе длинные лодки, называемые «чайками», и в них переплывали море, делали нападения на турецкие города и брали добычу. По понятиям того времени эти набеги не были разбоями, а считались делом честным и богоугодным, потому что турки были некрещеные и сверх того козаки освобождали из плена христианских невольников, которых тогда очень много томилось у турок в рабстве. Турки считали козаков подданными Польши, требовали от польского правительства их усмирения и даже воевали с Польшей за козацкие набеги».
Положение осложнялось межрелигиозной рознью. В 1596 году была заключена Брестская церковная уния, согласно которой православная церковь на территории Речи Посполитой подчинилась римскому папе. Однако многие православные епископы и массы верующих не признали унии и считали себя независимыми от католической церкви. Украинские казаки были православными и боролись как с поляками-католиками, так и с украинскими сторонниками унии.