Церковь старательно пыталась скрыть факт брачного союза между Иисусом и Магдалиной. Для этой цели отцы Церкви даже накладывали руку на Писание, дабы изменить авторство Евангелия от Иоанна, которое, скорее всего, написала именно Мария Магдалина. Именно она на страницах Евангелий названа «любимым учеником Иисуса». В некоторых местах просто возникает анонимный ученик, имя которого не называется.
В апокрифическом Евангелии от Филиппа сообщается сразу о трёх женщинах по имени Мария: мать Иисуса, «спутница Иисуса» и другая — ни то сестра, ни то тётка Иисуса. В другом эпизоде того же Евангелия автор открытым текстом говорит, что Иисус любил Марию Магдалину больше остальных учеников и «часто лобзал её уста».
Именно Мария Магдалина записала Евангелие, которое позже приписали апостолу Иоанну. Этот ученик (а теперь уже — ученица) был в числе учеников Иисуса от самого начала. Когда апостол Павел рассказывает о воскрешении Иисуса и его явлении ученикам, он говорит о «двенадцати» (I Кор. 15:5), хотя Иуды к тому времени уже не было в живых.
Автор приводит доказательства интимной связи Иисуса с Марией Магдалиной. Они были мужем и женой.
Это окончательно подтверждается недавно найдённым «Евангелием жены Иисуса» на коптском языке, где в 4 и 5 строчках Иисус говорит «Моя жена способна стать моим учеником». «Смотрите, я направлю её, чтобы сделать её мужчиной». Это уже
проливает немного света на другой эпизод, в котором говорится о нагом «юноше», следовавшем за Иисусом. Это также объясняет, почему Леонардо да Винчи изобразил Магдалину в виде юноши. Возможно, было принято решение одеть Марию Магдалину в мужские одежды и разрешить ей носить мужскую причёску. А возможно, Мария сама, по просьбе Иисуса или по решению учеников взяла имя Иоанн, под которым и написала своё евангелие.
Намёки на свадьбу Иисуса и Марии содержатся даже в канонических Евангелиях. Знаменитое обращение воды в вино во время свадьбы — отличный намёк. Впрочем, здесь всего лишь предположение, поскольку церемонии бракосочетания могло вовсе и не быть. Во-первых, сам Иисус в своих проповедях ничего не говорил о заключении браков, а во-вторых, в ессейской общине, к которой он мог принадлежать, институт брака отсутствовал.
Далее в этом разделе автор переходит к рассмотрению вопроса Святого Духа.
Относительно непорочного зачатия от Духа можно добавить, что ранние христиане если и имели подобные представления, то такое зачатие воспринималось ими аллегорически. Буквальное понимание этой аллегории утвердилось в качестве догмата Католической Церкви лишь в 431 году на III Вселенском Соборе.