Израиль с самого начала отверг требование террористов об освобождении 40 арестованных палестинцев и сделал ставку на силовую операцию.
Ключевую роль в подготовке этой операции сыграл Брюс Маккензи, британский фермер и бизнесмен, осевший в Кении. Он был другом кенийского президента Джомо Кениаты и единственным белым членом кенийского кабинета. Маккензи, резидент британской МИ-6, помогал кенийцам в организации системы обороны и безопасности и одновременно сотрудничал (с ведома «МИ-6») с «Моссад». У израильской разведки в Кении также были хорошие позиции — Кения считалась одним из трех стратегических опорных пунктов израильской разведки в Африке.
18 января 1976 г. кенийская полиция арестовала в окрестностях столичного аэропорта трех палестинцев, вооруженных портативными советскими зенитными ракетами — террористы намеревались сбить заходящий на посадку рейсовый пассажирский самолет со 110 пассажирами на борту. Палестинцев и их сообщников, двух немцев, Томаса Ройтера и Бригитту Шульц, негласно выдали «Моссаду». В Израиле они были преданы суду и приговорены к длительному сроку лишения свободы.
Когда началась спецоперация по освобождению заложников в Энтеббе, Маккензи договорился с президентом Кении, Джомо Кениатой, о предоставлении израильской разведке базы для спецоперации. Уже через несколько часов в Найроби прибыли первые 10 агентов «Моссада» и «Амана», затем еще два десятка. Кто под прикрытием легенды туристов, кто — бизнесменов, а кто просто нелегально переправившись через озеро Виктория, они проникли в Уганду, в район аэропорта Энтеббе для рекогносцировки и изучения систем охраны аэропорта, путей подхода и отхода. Кения также разрешила израильскому «крылатому госпиталю» совершить посадку на своей территории после успешного завершения операции. Тайные связи «Моссада» на этот раз полностью себя оправдали.
В ночь на 3 июля 1976 г. израильские ВВС перебросили несколько групп «сайерет» за 2 тыс. миль в Уганду. Им удалось обмануть бдительность контрольной вышки аэропорта Энтеббе и бесшумно посадить несколько самолетов типа «Геркулес» с десантниками, вооружением и даже полевым госпиталем.
Особая группа десантников в черном «мерседесе», точной копии лимузина Иди Амина, ворвалась в старое здание аэровокзала и в течение нескольких минут уничтожила семерых террористов и 45 угандийских солдат. Три других члена НФОП были тайно захвачены в плен израильтянами. Десантники освободили более сотни заложников, хотя двое мирных людей погибли под перекрестным огнем. С израильской стороны была одна-единственная жертва — подполковник Ионатан Нетанияху, командир одной из элитных групп, сраженный снайперским выстрелом с контрольной вышки. Можно сказать, что в этой операции сработало все лучшее, что было наработано спецслужбами, начиная от грамотного планирования, привлечения партнерских связей с разведслужбами и правительствами третьей стороны, использования современных технических средств и до мастерства и решимости штурмовых подразделений. Возможно, элемент везения все-таки присутствовал — но будем считать, что за него заплачено кровью командира «сайерет».