В 1993 г. сотрудники «Вымпела» сумели предотвратить попытку вывоза радиоактивных материалов из-под Екатеринбурга. Блестяще провели операцию по фальшивым авизо, не дав преступникам получить более миллиарда рублей. Неоднократно участвовали в операциях по освобождению заложников, выполняли задания в "горячих точках" СНГ.
Освоить новый участок работы профессионалам такого класса не составляло труда. Однако слишком серьезным оказался психологический аспект. «Вымпел» спецподразделение, предназначавшееся для действий за рубежом, но не на территории своей Родины. И потому офицеры тяжело переживали необходимость участия в событиях в Баку, Вильнюсе, Тбилиси и других горячих точках". Будучи людьми военными, они прекрасно знали, что приказы не обсуждаются. Но будучи вымпеловцами, они прекрасно знали, что главный критерий при выполнении задачи наименьшие потери, забота о жизни мирных граждан, их безопасности, уважение их прав и свободы.
В октябре 1993 года «Вымпел» получил приказ о взятии Белого Дома. Точно такой же приказ был получен и в августе 1991-го, но тогда Леонид Шебаршин, возглявлявший ПГУ, дал возможность тянуть время и не включаться в сомнительную операцию. «Вымпел» тогда на штурм не пошел. Не пошли на штурм и сейчас… На БТР отправились в разведку. Тогда и потеряли от пули снайпера одного товарища. После этой разведки решили выдвинуться к Белому Дому без применения оружия. «Вымпел» не мог превратить задачу освобождения Белого Дома в бойню. «Вымпел» выполнил приказ: вымпеловцы просто вывели людей из Белого Дома.
Им не простили такого поведения. Потянулись недели томительной неясности. Руководство спецподразделения, чтобы как-то упредить ситуацию, попыталось внести свои предложения о создании на его базе федерального учебного центра для обкатки оперативных работников внешней разведки, спецназа, которые и до этого стажировались на объектах отряда. Но 23 декабря 1993 года был подписан Указ Президента о расформировании Министерства безопасности России. «Вымпел» же был переподчинен Министерству внутренних дел.
Сто двенадцать офицеров подали рапорты об отставке. Только около 50 человек согласились остаться в МВД.
Узнав о распаде «Вымпела», в Москву приехали представители крупнейшего в США агентства безопасности и предложили работу. Однако вымпеловцы отказались, решив, что смогут найти себе применение и здесь. Никто из них также не запятнал звания вымпеловца службой криминальным авторитетам, которые за колоссальную плату предлагали советническую работу.
Около 150 человек перешли на службу в Главное управление охраны, в Службу внешней разведки, в контрразведку, в Министерство по чрезвычайным ситуациям. 135 офицеров, далеких от пенсионного возраста, подали рапорты об отставке и оформили пенсионные документы. Некоторые ушли в коммерческие структуры, устроились в службы безопасности частных компаний.