Маквей спросил лейтенанта Орра, передала ли радиорубка сигнал бедствия? Тот ответил, что не знает. В 00:12 командир послал матроса в задымленную штурманскую рубку, чтобы тот прочел там показания кренометра. Матрос вернулся с ошеломляющей новостью: крен крейсера уже достиг 18°, увеличившись на шесть градусов за две минуты!
Через восемь минут после того, как «Индианаполис» получил торпедные попадания, через три минуты после того, как капитан 3 ранга Мур покинул мостик, и через минуту после того, как было считано последнее показание кренометра, на мостике появился старший офицер крейсера капитан 2 ранга Джозеф Флинн. Он доложил Маквею, что корабль получил тяжелые повреждения и принимает воду в огромном количестве. «Я думаю, что с нами покончено, — сказал старший офицер, и рекомендую дать приказ „оставить корабль“».
Командир был ошеломлен. Какой же силы должен быть взрыв, чтобы за восемь минут пустить на дно такой громадный корабль?
Но, повернувшись к Флинну, Маквей приказал: «Хорошо, дайте команду оставить корабль!»
Услышав это, лейтенант Орр приказал рассыльному пойти в кормовую часть мостика и взять там два спасательных жилета для них обоих. Когда рассыльный вернулся, Орр приказал ему спасаться.
В этот момент на мостике появился старшина Кейс и доложил командиру, что он передал по нижним помещениям крейсера команду: «Все наверх!». Кейс добавил, что пробиться в нос от миделя было невозможно из-за пожара.
В 00:14 на мостике появился штурман «Индианаполиса» капитан 2 ранга Дженни, сообщивший командиру, что практически сразу же после попадания торпед с крейсера передали сигнал бедствия с указанием точного места корабля и призывом о немедленной помощи.
Затем Маквей вышел на крыло мостика и крикнул морякам, сгрудившимся у лееров левого борта, чтобы они спасались. Сложив руки рупором, капитан 2 ранга Флинн прокричал ту же команду. Многие матросы, не ожидая команды, бросились в воду сразу после взрыва. А поскольку крейсер так и не остановился, их головы прыгали на волнах уже примерно в миле за кормой.
На шканцах крейсера распоряжался раненый капитан 3 ранга Липски, старший артиллерист «Индианаполиса». С ним неожиданно столкнулся старшина комендоров Хоннер, который позднее вспоминал, что «Липски, который очень сильно обгорел, передал ему записку для своей жены. Он считал, что ему уже не спастись, а поскольку я не был ранен, он полагал, что мне это удастся».
Убедившись, что все матросы одели спасательные жилеты, Липски, по своей собственной инициативе, дал приказ оставить корабль. Через несколько секунд на палубе появился капитан 2 ранга Флинн, скомандовав: «Быстро за борт, ребята!»