Приказы, полученные капитаном 1-го ранга Маквеем, объясняли ему сущность возложенной на него задачи, однако не раскрывали точную природу его сверхсекретного груза. Крейсеру было приказано следовать полным ходом в Перл-Харбор, высадить там пассажиров, а затем идти на Тиниан в группе Марианских островов и там выгрузить свой атомный груз. Специальная задача, возложенная на «Индианаполис», была выполнена без всяких помех. Утром 19 июля крейсер вошел в Перл-Харбор, установив новый рекорд скорости, пройдя 2091 милю от Калифорнийского побережья до острова Оаху за 74,5 часа.
В Перл-Харборе «Индианаполис» был обслужен на высшем уровне приоритета, несмотря на то, что в очереди стояло много кораблей гораздо большего размера, командиры которых были старше Маквея. Пассажиры были высажены, горючее и другие виды снабжения оперативно были доставлены на борт, и через 6 часов «Индианаполис» уже покинул Перл-Харбор. Следующие семь дней «Индианаполис», идя довольно скромной скоростью 24 узла, пересекал Тихий океан. Крейсер, которому необходимо было пройти в западном направлении 3000 миль, шел, на пару часов опережая предписанный ему график движения.
Специальное задание успешно завершилось выгрузкой 26 июля сверхсекретного груза на о. Тиниан. После этого знаменитый крейсер снова был возвращен к выполнению своих обычных обязанностей. Ему было приказано после короткой стоянки на Гуаме проследовать на Лейте и в качестве флагманского корабля 5-го флота снова принять на борт адмирала Спрюэнса и его штаб. Капитан 1-го ранга Маквей запросил эскорт на последние 1200 миль подхода к острову Лейте.
Обычно крейсера считались в безопасности от возможного нападения подводных лодок, если они могли следовать постоянной среднеэкономической скоростью хода в 20 узлов или более, а у «Индианаполиса» средне-экономическая скорость хода составляла 15,7 узла. Однако, хотя в районе Марианских островов и имелись в наличии готовые к действию эскортные корабли, требование Маквея было отклонено на том основании, что в эскортировании «Индианаполиса» не было никакой «необходимости». Таким образом, 28 июля капитан 1-го ранга Маквей вывел свой неэскортируемый корабль в море, имея приказ «следовать противолодочным зигзагом по собственному усмотрению».
До 19:30 «Индианаполис» следовал противолодочным зигзагом истинным курсом 262˝ со скоростью 17 узлов. В 19:30 29 июля следование зигзагом было прекращено. С той же скоростью 17 узлов крейсер продолжал идти через Филиппинское море прямым курсом. Через несколько часов, когда видимость по курсу «Индианаполиса» уменьшилась примерно до 7 миль, Хасимото, не подозревая, что где-то вблизи от него находится корабль противника, приказал Джи-58 всплыть на поверхность.