1 июня под председательством военного министра Генри Стимсона собрался учрежденный Трумэном Временный Комитет по атомным вопросам. В состав комитета были введены наиболее известные ученые-атомщики: Роберт Оппенгеймер, Энрико Ферми, Эрнест Лоренс и Артур Комптон.
Оппенгеймер раскрыл детали устройства обоих типов бомб: урановой и плутониевой. Последняя должна быть испытанной на полигоне Аламогордо в пределах ближайших семи недель. Отвечая на один из заданных вопросов, Оппенгеймер пояснил, что бомба может стать идеальным оружием против концентрации войск противника, поскольку способна «уничтожить сразу около двадцати тысяч человек».
Профессор Артур Комптон спросил у Стимсона, не следует ли организовать «антиатомную и антивоенную демонстрацию», чтобы японцы поняли, что их ждет, и убедились в необходимости окончания войны. Оппенгеймер и Лоренс отнеслись к этой идее весьма скептически: вряд ли какая-либо демонстрация будет достаточно наглядной, чтобы побудить японцев капитулировать. Она лишь раскроет секрет предстоящей операции.
В итоге Временный Комитет пришел к заключение, что «Императора Японии и его военных советников может побудить к капитуляции лишь огромное потрясение, которое наглядно продемонстрирует им, что мы владеем достаточной мощью, чтобы уничтожить Империю. Подобное потрясение сохранит во много раз большее число жизней, как американских, так и японских».
В конце совещания для Президента США были выработаны три рекомендации относительно первого применения атомной бомбы: «Бомба должна быть использована как можно быстрее; она должна быть сброшена на военный объект, окруженный жилыми домами и другими постройками, наиболее подверженными разрушению; бомба должна быть применена без предварительного предупреждения о ее природе и силе». Однако мнение комитета не было полностью единодушным. Некоторые ученые искренне полагали, что можно обойтись без боевого использования этого страшного оружия.
За несколько месяцев до смерти Рузвельта Альберт Эйнштейн, чей авторитет сыграл в свое время главную роль в начале работ над созданием атомной бомбы, поскольку в 1939 году великий ученый был убежден, что Америка должна владеть таким оружием, написал письмо президенту. Если бомба будет применена, предсказал Эйнштейн, в мире начнется глобальная гонка вооружений.
12 июня семь ученых, работавших в «Манхэттенском проекте», представили петицию военному министру Стимсону, убеждая его пригласить на испытание бомбы наблюдателей из многих стран мира. Эта петиция, известная еще как «Рапорт Фрэнка», стала наиболее знаменитым документом, связанным с применением атомной бомбы, и была распространена среди членов Временного Комитета.