16 июня этот документ был рассмотрен на встрече Временного Комитета, который «с тяжелым сердцем» его отверг. «Подобная демонстрация, — пришли к заключению члены Комитета, — не приведет к окончанию войны. Мы не видим приемлемой альтернативы прямому боевому использованию атомной бомбы».
Тем временем генерал Гровс был вызван к Стимсону в Военное министерство. Министр просил его указать названия городов, отобранных в качестве «кандидатов» для проведения атомной бомбардировки. Совсем недавно уточненный список включал города: Кокура, Хиросима, Ниигата и Киото.
— Я считаю, что нужна начать с Киото, — заявил Гровс. Генри Стимсон объяснил генералу кое-что из того, чего тот никогда серьезно не принимал во внимание: «Киото — исторический город, имеющий громадное религиозное и духовное значение для японцев. Я был там в бытность свою генерал-губернатором Филиппин, и древняя культура этого города оказала на меня огромное впечатление. Я вычеркиваю Киото из списка целей».
В этот же самый период руководство американскими вооруженными силами готовили планы вторжения на Японские острова. Кодовое наименование этих планов было: операции «Олимпик» и «Коронет».
16 июня начальники штабов армии и флота вместе с военным министром Стимсоном, его помощником Джоном Маклоем и другими высшими советниками прибыли в Белый Дом. Обсуждался план вторжения на Японские острова.
Начало операции «Олимпик», предусматривавшей высадку на остров Кюсю, было назначено на 1 ноября 1945 года. В высадке должны были принять участие восемьсот тысяч человек. Операция «Коронет», которая должна была начаться через пять месяцев, предусматривала высадку десанта на остров Хонсю в районе Токио. В ней должны были участвовать примерно миллион человек.
Внимательно выслушав доклад начальник штаба Армии генерала Джорджа Маршалла, Трумэн попросил высказаться военного министра.
— Десантная операция, подвел итог Генри Стимсон, — будет длительной, ожесточенной и с большими потерями с нашей стороны… Сама территория как бы предназначена для того, чтобы сражаться до последнего человека.
Джон Маклой не исключал возможности и политического урегулирования, поскольку в Японии существуют весьма влиятельные силы, ратующие за прекращение войны. Стимсон согласился, что Япония, конечно, не является страной «состоящей полностью из свихнувшихся фанатиков», и разумеется, перед вторжением им нужно сделать какое-то последнее предупреждение. Однако, Стимсон никак не связал все сказанное с применением атомной бомбы.
Начальник штабов, выслушав военного министра, тоже фактически ничего на сказали об атомной бомбе, за исключением того, что если она будет применена, японцы на этот счет не должны получать никакого предварительного предупреждения. Таким образом, вопрос о бомбе почти не обсуждался. Никто, по словам Маклоя, «не был уверен, несмотря на все заверения ученых, что это штука сработает». Поэтому все стратегия планировалась только с применением обычного оружия.