Смута началась мгновенно, поскольку из-за доброго слабовольного царя правительство чуть было не упустило инициативу в войне. Мгновенно создалась партия, требующая замены Федора его сводным братом Дмитрием — сыном Ивана Грозного от седьмой жены, — Марии Нагой. Положение спас Борис Годунов, прошедший великолепную школу во времена Ивана Грозного и не привыкший миндальничать в подобных ситуациях. Тем более что женой царя Федора была его родная сестра Ирина, а его собственная жена — дочерью Малюты Скуратова. Уже тогда высшие представители государственной элиты, включая членов царской семьи, не считали зазорным родниться с верхушкой государственной безопасности.
Годунов действовал стремительно. Уже на следующий день после смерти Ивана Грозного все Нагие — родственники царевича Дмитрия по матери — были арестованы. Были арестованы и многие другие, которых «жаловал» покойный царь.
«Дома их разорили, поместья и вотчины раздали в раздачу», то есть конфисковали. Москва волновалась, инстинктом чувствуя и надеясь, что новое правительство при всей своей свирепости все-таки не сможет действовать методами Ивана Грозного.
В столицу срочно были введены войска. На ключевых площадях были установлены пушки, жерла которых мрачно смотрели на узкие улочки Белокаменной, готовые разорвать картечью любую толпу.
Царевича Дмитрия с матерью от греха подальше выслали в Углич. Сторонник Дмитрия, честолюбивый авантюрист Богдан Бельский, забаррикадировался в Кремле, рассылая листовки об узурпации власти. Его немедленно обвинили в убийстве Ивана Грозного, в намерении убить царя Федора и в желании самому забраться на Московский престол. К Кремлю подтягивалась артиллерия правительственных сил.
Стихийно возникшая армия из скитавшихся по лесам беглых и обездоленных прошлого царствования, которых историки, возможно, и с полным основанием именуют «чернью», двинулась на Москву, на ходу организовываясь в полувоенные формирования. К ней на соединение двинулось рязанское ополчение во главе с представителями выродившейся местной аристократии в лице Ляпуновых и Кикиных.
Эта армия якобы для защиты «законного» правительства ворвалась в столицу, переманив на свою сторону и часть ратных людей.
«Пришли, — как свидетельствует летописец, — с великою силою и оружием и едва успели затворить от них Кремль».
В городе начались грабежи и пожары. Правительство, выигрывая время переговорами, подтянуло к столице войска, беспощадно растерзав «чернь» картечью. Ляпуновых и Кикиных схватили и тайно умертвили в темницах.
Перепуганный Федор, видя как штурвал государственного управления вырывается из его неумелых рук, вручил всю полноту власти в руки своего шурина Бориса Годунова, снабдив его, если говорить современным языком, чрезвычайными полномочиями.