Это вызвало недовольство среди высшей аристократии, притихшей было во времена классических методов государственного управления в период прошлого царствования.
Оппозиция, руководимая Романовыми (родственниками царя по его первой жене Анастасии) и Шуйскими, будоражила народ, всегда готовый по любому поводу разжечь в стране пожар междоусобицы.
Демонстрируя навыки, приобретенные в службе безопасности Ивана Грозного, Борис Годунов смело принял вызов. С помощью схваченных слуг князей Шуйских были сфабрикованы обвинения в государственной измене против осмелевших бояр. Начались массовые аресты. Первым схватили князя Ивана Петровича Шуйского, когда тот ехал в свою суздальскую вотчину. Затем были схвачены князья Татевы, Урусовы, Колычевы и Бакасовы. Всех брали с семьями, с челядью, разоружая их личные военизированные группировки, набранные после смерти Ивана Грозного.
«Людей их пытали разными пытками и много крови пролили», — отмечает летописец.
По окончании следствия видного военачальника Ивана Петровича Шуйского сослали в Белозеро и там удавили. Князя Андрея Ивановича Шуйского сослали в Каргополь и там также удавили. Других арестованных князей также разослали подальше — от Нижнего Новгорода до Астрахани и там ликвидировали без лишнего шума. В этом была ошибка.
Народ давно привык к массовым театрализованным казням времен прошлого царствования, а подобные тайные убийства, выдаваемые вдобавок за самоубийства, свидетельствовали о слабости новых властей. Более того, назначенных к ликвидации официально высылали в собственные имения, там снова арестовывали, отправляли в тюрьмы отдаленных городов и только там убивали.
Подобная нерешительность правительства, осмелившегося публично рубить головы только разной замешанной в интригу мелкоте, вроде Федора Нагого «со товарищи», не осталась не замеченной.
Народ воспрял, чувствуя пока не столько собственную силу, сколько ослабление противника. По Москве стали ходить подметные письма, которые, говоря современным языком, разоблачали произвол и коррумпированность властей. Народ, подстрекаемый неугомонной аристократической оппозицией, снова пытался организоваться в военную силу с целью уничтожения какой-либо власти.
Власть, по обыкновению, ответила свирепым террором, давая понять, что она не так слаба, как многие хотели бы думать.
«Лилась кровь на пытках, на плахе, лилась кровь в усобице боярской», — хладнокровно отмечает хроникер обычное положение вещей в стране.
В разгар новой волны правительственного террора кто-то зарезал в Угличе царевича Дмитрия. Надо сказать, что если добрый и болезненный царь Федор очень мало походил на своего кровожадного родителя, то Дмитрий, хотя и был еще отрок, показывал все признаки будущего сильного, а значит, — и свирепого родителя. Видимо, подстрекаемый своей родней со стороны матери, младенец ежедневно громогласно объявлял, кого и как он намерен ликвидировать, когда взойдет на престол. Открывал список Борис Годунов, которого царевич намеревался посадить на кол. И в гибели царевича был, естественно, обвинен Борис Годунов.