Официальная следственная комиссия, назначенная правительством, как и водится, ни к каким конкретным выводам не пришла, но народная молва и аристократическая оппозиция, начав мощную психологическую войну против властей, открыто обвиняла именно эти власти, в лице Бориса Годунова, в ликвидации будущего опасного царя. А то, что Дмитрий станет царем, никто не сомневался. Тающий на глазах бездетный Федор Иоаннович уже был не жилец на свете. Он угасал, видя, во что вылились его благие намерения править с помощью добра и общественного мира.
Вскоре после смерти царевича вспыхнул в Москве пожар, обративший в пепел большую часть столицы. Следствие установило, что это дело трех уголовных преступников: князя Щепина, Лебедева и Байкова, которые хотели под прикрытием пожара ограбить царскую казну. Несмотря на это, оппозиция обвинила в поджоге самого Годунова, хотевшего якобы таким способом отвлечь внимание от убийства царевича. Распускавших подобные слухи десятками хватали, создавая непрерывный следственно-пыточный конвейер, ежедневно выплескивавший жертвы на эшафоты и виселицы. Террор принимал такие размеры, что вынужден был вмешаться митрополит Дионисий.
«Видя многое убийство и кровопролитие неповинное, — писал летописец, — он вместе с Крутицким архиепископом Варлаамом начал говорить царю о многих неправдах Годунова».
Видимо, печальный пример митрополита Филиппа не отучил церковь вмешиваться в дела властей, и она, нуждаясь в новом примере, его получила. Дионисий и Варлаам были «освобождены от сана», а в митрополиты возведен ростовский архиепископ Иов, полностью преданный Годунову.
Брожение и напряженность в стране, по обычаю, хотели ослабить внешней войной, начав сосредотачивать войска против Швеции. Но в это время под Москвой внезапно объявился крымский хан Казы-Гирей «с огромною силою».
Русские и татары сошлись у села Коломенского. Хана удалось с помощью силы и хитрости отбросить от Москвы и разбить под Тулой. Но вместо ожидаемого сплочения народа вокруг Годунова, приписавшего всю честь победы себе, тут же был в России и на Украине запущен слух, что хан так быстро и неожиданно появился под Москвой по сговору с Годуновым, желающим таким образом отвлечь общественное мнение от убийства царевича.
«Ходил этот слух между простыми людьми, — отмечает историк. — Алексинский, сын боярский, донес на своего крестьянина. Крестьянина взяли и пытали в Москве. Он оговорил многое множество людей. Послали сыскивать по городам, много людей перехватали и пытали, кровь неповинную проливали, много людей с пыток померло, иных казнили и языки вырвали, иных по темницам поморили и много мест от этого запустело…»