В ноябре 1918 г. дискуссия возобновилась. Основным ее содержанием на этом этапе дискуссии стала борьба между представителями ревтрибуналов и ВЧК за контроль над вынесением судебных приговоров и в целом над судопроизводством. Состоявшаяся в ноябре 1918 г. конференция ревтрибуналов требовала ужесточить контроль над чрезвычайными комиссиями, оставить право наложения приговоров за ревтрибуналами и ограничить деятельность ЧК следственными функциями. Кроме того, конференция выступила с критикою мягких мер ЧК к спекулянтам и взяточникам[828]. В течение всего периода работы конференции выступавшими участниками указывалось на беззакония в системе ЧК. Позднее были выработаны предлагаемые шесть пунктов прав ЧК, ограничивающие ее деятельность [829].
С этого момента дискуссия принимает затяжной характер, продолжаясь до весны 1919 г. В прессе по-прежнему появляется много материалов о порой преступной деятельности ЧК, но при этом заметно активизировались публицисты-сторонники чрезвычайных комиссий. Руководству ВЧК (М. Я. Лацису, Я. Х. Петерсу) удалось поместить несколько статей в свою поддержку в центральной прессе, прежде всего в «Известиях ВЦИК» в январе 1919 г. Все статьи были помещены в дискуссионном порядке, но почти одновременно их появление означало скрытую поддержку ЧК со стороны части руководства страны. В статьях признавались отдельные недостатки в деятельности чрезвычайных комиссий, вместе с тем авторы указывали не несоизмеримость их масштабов с достигнутыми успехами ЧК в ее внутренней политике. Излишняя критичность оппонентов исходила, по мнению чекистов, прежде всего из меркантильных интересов перераспределения судебных полномочий, в результате все недостатки советской системы, сводились критиками ЧК исключительно к деятельности ЧК[830].
Ответные статьи, помещенные на страницах тех же изданий, отрицали бюрократическую заинтересованность в упразднении ЧК. Указывая на недостатки ЧК, прежде всего на ее внесудебный характер, представители ревтрибуналов требовали прекращения подобной деятельности. В статьях указывалось на продолжающиеся злоупотребления, самосудные расстрелы ЧК, на наказаниях рабочих и совслужащих. С критическими статьями выступили Д. А. Трилиссер, А. Дьяконов, H. В. Крыленко, Н. И. Бухарин, Г. Дамберг и другие советские деятели[831]. В частности Д. А. Трилиссер использовал свой опыт общения с петроградской ГЧК на посту секретаря Петросовета. В фондах ЦГА СПб за 1918–1919 гг. имеется масса его обращений к ПГЧК с требованием рассмотрения обоснованности арестов и других действий чекистов.