После смерти Сталина на совместном заседании пленума ЦК КПСС, Совета Министров СССР и Президиума Верховного Совета СССР 5 марта 1953 года было принято решение об объединении МГБ СССР и МВД СССР в одно министерство – МВД СССР. Фактически речь шла о воссоздании НКВД СССР. Соответствующие законы были приняты 15 марта. Министром внутренних дел СССР и заместителем председателя Совета Министров СССР был назначен Лаврентий Павлович Берия. Соответственно Пётр Васильевич Федотов возвращается в свой кабинет начальника контрразведки на Лубянке.
26 июня 1953 года в результате государственного переворота, осуществленного Хрущёвым и его сторонниками из числа военных, Берия был убит. Начались аресты и расправы над руководителями госбезопасности, внесшими колоссальный вклад в Победу и Атомный проект. По самым скромным подсчетам, аресту и опале подверглись более 200 руководящих работников госбезопасности, имевших огромные заслуги перед Родиной. 10 февраля 1954 года решением Президиума ЦК КПСС органы госбезопасности были выведены из МВД и 13 марта Указом Президиума Верховного Совета СССР образован Комитет государственной безопасности (КГБ) при Совете Министров СССР во главе с соратником Хрущёва ещё по Украине Иваном Александровичем Серовым. А 13 января 1960 года Хрущёв вообще упразднил МВД СССР, подписав постановление Совета Министров СССР № 48 – очевидно, чтобы исключить саму возможность возрождения некогда возглавлявшегося Берией ведомства.
Федотов, однако, сохранил свою должность начальника контрразведки и в МВД (здесь она называлась 1-м Главным управлением), и в КГБ (здесь она стала 2-м Главным управлением). Но уже 12 апреля 1956 года, сразу после пресловутого ХХ съезда, Федотова смещают с должности и направляют в редакционно-издательскую группу Высшей школы КГБ. А когда 25 декабря 1958 года КГБ возглавил Шелепин – еще более рьяный ставленник Хрущёва, то уже в марте 1959 года Федотов был уволен в запас по служебному несоответствию, 23 мая 1959 года лишен звания генерал-лейтенанта «за грубые нарушения законности в сталинский период», исключен из партии и умер 29 сентября 1963 года в полном забвении. Ему был 61 год.
Вот каких людей ломали хрущёвские сатрапы. Не обошли стороной и военную контрразведку – легендарные Особые отделы, которые в табели о рангах КГБ занимали третью позицию – 3-е Главное управление, с 1960 – просто 3-е Управление, с 1982 года – вновь 3-е Главное управление. Как у Высоцкого:
И особист Суэтин —
Неутомимый наш! —
Ещё тогда приметил
И взял на карандаш.
Когда 29 сентября 1938 года Берия возглавил ГУГБ НКВД, то военная контрразведка вошла в него как 4-й (Особый) отдел – опять же сразу вслед за контрразведкой (тогда 3-й отдел). В ходе кадровой реформы Берия начинает продвигать молодого сотрудника, которому вскоре предстояло войти в историю как начальнику самой эффективной спецслужбы периода Второй мировой войны – Главного управления контрразведки «Смерш». Звали его Виктор Семёнович Абакумов.