После 1487 г. Джованни Торнабуони почти все время проводил во Флоренции, а управление римским филиалом поручил своему племяннику, Онофрио, или Нофри ди Никколо Торнабуони. В 1492 г. ожидалось, что банки-корреспонденты в срок оплатят переводные векселя, выписанные дядей и племянником, а также Леонардо Бертолини и Донато Торнабуони.
В 1494 г. римский филиал был еще жив, но еле дышал. Насколько Джованни Торнабуони в ответе за такое положение дел? Ответить на этот вопрос трудно. Конечно, он в определенной степени стал жертвой обстоятельств; старшие партнеры не всегда прислушивались к его советам или вовлекали его в необоснованные кредитные операции по политическим или семейным соображениям – так, филиал предоставил займы Орсини и Франческо Чибо. Кроме того, не приходится сомневаться в том, что Джованни Торнабуони не отличался выдающимися способностями или даром предвидения. Его кругозор был довольно узким. Разбираясь в бухгалтерии, он не видел более широких аспектов экономических проблем. Более того, он был порывистым и не обращал внимания на проблемы, как было в деле с монополией на квасцы, когда он не предвидел последствий своей политики. Так, он жаловался на отказ лондонского филиала и филиала в Брюгге перевести деньги, но совершенно не обращал внимания на трудности с денежными переводами. Он также не понимал, что контракты на квасцы делали его все более зависимым от Апостольской палаты и состояния папских финансов.
Джованни Торнабуони не отличался покладистым характером, хотя сам часто жаловался на других, например на Томмазо Портинари, с которым, по его мнению, трудно было договориться. Его ссоры и вспышки явно не способствовали благосклонности к нему старших партнеров. С другой стороны, в его честности сомневаться не приходится. После 1478 г. он пытался экономить, но волей-неволей был вынужден участвовать в новых рискованных операциях. Его преданность Медичи также сомнению не подвергается. В письме от 29 ноября 1487 г. о продлении партнерского соглашения он пишет Лоренцо: «Бог на небе, а Ваше Великолепие на земле». Вероятно, он выражался так не из одного лишь подобострастия.
В 1494 г., когда Медичи утратили власть, Джованни Торнабуони создал компанию со своим сыном Лоренцо, возглавил римский филиал и заключил соглашение с новым правительством на часть заложенного имущества ссыльной семьи. Как оказалось, Медичи были скорее должниками, чем кредиторами, и новый режим с радостью позволил Торнабуони улаживать дела. В 1497 г. Лоренцо Торнабуони подвергли пытке и казнили за участие в заговоре с целью восстановления власти Медичи. К счастью, его отец Джованни не дожил до этой трагедии.