Куда серьезнее разногласий среди служащих был острый конфликт, который разгорелся между Римом и Лионом в результате политики Лионетто. Одним источником затруднений стала неудача лионского филиала, когда потребовалось срочно перевести в Рим доходы от переправки папских булл и пожалований духовным лицам бенефициев. Еще одной трудностью стало то, что у лионского филиала вошло в привычку выписывать векселя на Рим, чтобы покрыть растущий дебетовый баланс за четыре ярмарки. Хотя Торнабуони согласился поддержать Лион на сумму в 5 или 6 тыс. дукатов, по мере постепенного роста долга, который в 1483 г. достиг 8 тыс. дукатов с лишним, он все энергичнее возражал. Но Лионетто де Росси продолжал черпать ресурсы из Рима, одновременно жалуясь, что Торнабуони отказывает ему в помощи. Наконец, Лионетто, чтобы выплатить часть долга, отправил в Рим часть своих украшений и гобеленов, но эти товары было трудно продать, потому что папа урезал расходы и не покупал предметы роскоши. Лионетто так все запутал и стал таким подозрительным, что Джованни Торнабуони отчаялся внушить ему: запасы римского филиала не неистощимы и он и так делает все, что в его силах.
В мае 1485 г. дело дошло до того, что римский филиал отказался платить по векселю Жюля Тьерри из Рена, рискуя навсегда подорвать доверие французов в платежеспособности Банка Медичи. Узнав об этом, Лионетто чуть не лопнул от злости и обвинил управляющих римским филиалом – племянников Торнабуони – в том, что они преследуют лишь свои узкие интересы и пренебрегают интересами Банка Медичи в целом. Возможно, в данном конкретном случае он был прав, но он забыл, что сам проявил нерадивость в предоставлении средств, которыми нужно было расплачиваться по векселям.
Кризис лионского филиала был не за горами, и доверие Лоренцо к Лионетто сильно пошатнулось. В июле 1484 г., чтобы произвести на maggiori хорошее впечатление, во Флоренцию послали Козимо Сассетти с балансом от 25 марта предыдущего года. Лионетто утверждал, что филиал не обременен безнадежными долгами, что прибыль составляет 8 тыс. экю и что 4 тыс. из них он направил на списание долгов, не подлежащих погашению, Франческо дель Товальи и других неплатежеспособных должников. Однако Лионетто, к его великому сожалению, не удалось сократить задолженности, потому что капитал был представлен главным образом в виде безнадежных долгов и из-за того, что, как ни невероятно, он оказывал старшим партнерам и другим компаниям Медичи поддержку в размере 15–20 тыс. экю! Козимо, как бесстыдно утверждал Лионетто, прекрасно осведомлен о положении дел и сумеет ответить на любые расспросы. Непонятно, стал ли юноша жертвой обмана. На самом деле Лионетто сфабриковал баланс и подтасовал цифры, чтобы скрыть огромные убытки. Обмануть старших партнеров оказалось не так легко. 4 августа Лионетто вынужден был признать, что финансовое положение филиала отнюдь не такое благоприятное, как он изобразил, и что отныне его целью станет остаться в деле, возместить убытки и, если возможно, получить прибыль.