Под мавзолей отвели площади в двадцать четыре на двадцать пять метров. Имеющий снаружи вид восьмиугольника, мавзолей опирается на фундамент, утопленный в грунт на целых четыре метра, и уходит вверх на сорок метров, благодаря чему гармонично сочетается с портиком и минаретами, одни из которых достигают высоты двенадцати метров, а другие — более двадцати пяти метров. Восьмиугольник внизу опоясан мраморным цоколем, выше него расположены желтоватого цвета кирпичи, между ними вкраплены другие, покрытые голубой и ультрамариновой глазурью. Этими кирпичами на разных размеров геометрических панно коричневого цвета выложены имена Аллаха и Мухаммеда. Самым красивым элементом Гур-Эмира является его ребристый купол, который сложен из майоликовых кирпичей бирюзового цвета, с нанесенными желтыми и ультрамариновыми пятнами.
Строительный сезон 1404 года подходил к завершению, и работы должны были вот-вот прекратиться, когда в конце зимы скончался Тимур, так и не видевший предназначенной внуку усыпальницу.
Смерть полководца в самом начале крупнейшего военного предприятия (поход на Китай) была неожиданной. Остро стоял вопрос о престолонаследии, возникли справедливые опасения политических осложнений на границах империи и смут внутри государства. Взвесив все, приближенные великого эмира постарались в первое время скрыть факт его смерти. Надушенное благовониями, розовой водой, мускусом и камфарой тело Тимура было положено в гроб и темной ночью спешно отвезено в Самарканд на украшенных драгоценными камнями и жемчугом носилках под видом возвращения из ставки в столицу одной из женщин гарема правителя. А через день вслед за ним туда же выехали царицы и царевичи. В Самарканде останки Тимура тотчас предали погребению в склепе при медресе Мухаммад Султана, где уже покоился прах любимого внука эмира.
Несмотря на принятые меры предосторожности, весть о смерти Тимура быстро разнеслась по стране. Она стала известна всем в Самарканде уже к моменту прибытия к городским воротам цариц и царевичей. Бывшие с ними военачальники и некоторые из царевичей не были пущены в столицу из-за невыясненного вопроса о престолонаследии. Остальные, вместе с царицами, получили разрешение войти в город и направились к медресе Мухаммад Султана. Здесь в знак траура царицы и другие знатные женщины расцарапали и почернили лица, рвали волосы, бросались на землю и посыпали головы пеплом.
Примерно через месяц в Самарканд вступил Халиль Султан, провозглашенный войсками преемником власти своего великого деда. С большой торжественностью он устроил на его могиле поминки, в которых приняли участие не только двор, но и все население. Для успокоения души покойного читали Коран, раздавали милостыню, и несколько дней для угощения толпы резали лошадей, быков и баранов. Само помещение, где покоились останки Тимура, внутри было убрано с языческой пышностью: застлан шелковыми и бархатными коврами пол, по стенам развешаны усыпанные драгоценными камнями предметы вооружения и утвари; с потолка спускались тяжеловесные золотые и серебряные люстры, а на саму могилу возложили одежды Тимура.