В 1220 году, после ожесточенной осады города сорокатысячным войском, Самарканд был взят и разрушен Чингисханом. В первой половине XIV века он стал резиденцией тюркских эмиров. А в 1370 году Тимур сделал Самарканд столицей своего государства. Царствование Тимура стало временем блистательного расцвета Самарканда. Сюда со всей Азии стекались несметные богатства, лучшие ученые и мастера из завоеванных государств, украсившие город замечательными мечетями, садами и дворцами, из которых многие сохранились до нашего времени: мавзолей Шахи-Зинда, мечеть Тимура — Биби Ханым, и, конечно, мавзолей Тимура с его гробницей — Гур-Эмир.
В последние годы жизни великого эмира его потомство было достаточно многочисленным, но из четырех сыновей в живых оставалось только двое. Старший, Джахангир, скончался в возрасте двадцати лет; второй — Умар-шейх — был убит в 1394 году при осаде одной курдской крепости. Оставшихся в живых Миран-шах проявлял признаки душевной болезни, а младший Шахрух не внушал доверия отцу своей склонностью предпочитать постановления шариата законам Чингисхана и военным монгольским традициям.
Дети стали болью великого эмира. Поэтому все его внимание было сосредоточено на внуках, которым дали прекрасное воспитание, ведь это было делом государственной важности. Окруженные почти со дня рождения заботами специально подготовленных для этого лиц, царевичи, подрастая, поручались особым воспитателям — атабегам. В обязанности атабега входило обучить ребенка всему, что могло понадобиться будущему государю. Самые способные из внуков эмира поступали под особый надзор и приближались ко двору. С этого времени они могли принимать участие в торжественных церемониях. Проявляя большую осторожность в выборе преемника, Тимур все же заметно отличал среди всех внуков сына Джахангира и Суюн-Ага, внучки Узбек-хана, Мухаммад Султана, и этот царевич считался первым претендентом на звание наследника престола. Любимец Тимура проявлял столь важные для этого качества: пониамние военной стратегии, выносливость, был вдумчивым и интересовался государственными делами. Наследный принц принимал участие в различных военных предприятиях, доходил с войсками до западного берега Малой Азии, но внезапно, возвращаясь из похода, заболел и умер весной 1403 года.
Как уже говорилось выше, неожиданная смерть 29-летнего любимого внука выбила великого эмира из колеи. В войсках был объявлен траур, продолжавшийся несколько дней. Армия облеклась в одежды черного и синего цветов. Запрещено было даже ездить на белых конях. Поминки были очень масштабными, богатыми. Тело внука отвезли в столицу империи — Самарканд. Здесь прах царевича был предан погребению в построенном им самим при жизни медресе. Даже год спустя боль утраты скорбящего деда так и не утихла. В день смерти царевича Тимур устроил поминки, сопровождавшиеся угощением и религиозными обрядами. Вскоре по возвращении Тимура в Самарканд, в конце лета того же года, им был отдан приказ построить рядом с медресе Мухаммад Султана купольный надгробный мавзолей, более достойный упокоить в своем склепе останки его наследника. Так, осенью 1404 года было положено основание прекрасному зданию, задуманному как личный мавзолей любимцу-внуку, который превратился некоторое время спустя в фамильную усыпальницу Тимуридов и известен ныне как Гур-Эмир, что значит «гробница эмира».